R 绘制两个主成分得分向量，使用不同的颜色表示三个唯一的类别

在生成一个模拟数据集，其中三个类别各有20个观察值（即总共60个观察值）和50个变量后，我需要绘制前两个主成分得分向量，使用不同的颜色来表示三个独特的类别

我相信我可以创建模拟数据集（请验证），但我在计算如何给类着色和绘图时遇到了问题。我需要确保这三个类在绘图中是分开的（否则我需要重新运行模拟数据）

响应变量y的

#（60个值-3类1、2、3-每类20个观察值）
y如果我正确理解了您的问题，
Gally
软件包中的
ggparcoord
将对您有所帮助

library(GGally)
y <- rep(c(1,2,3), 20)

# matrix of 50 variables i.e. 50 columns and 60 rows 
# i.e. 60x50 dimensions (=3000 table cells)   
x <- matrix(rnorm(3000), ncol=50)

xymatrix <- cbind(y,x)
pca <- prcomp(xymatrix, scale=TRUE)

# Principal components score and group label 'y'
pc_label <- data.frame(pca$x, y=as.factor(y))

# Plot the first two principal component scores of each samples
ggparcoord(data=pc_label, columns=1:2, groupColumn=ncol(pc_label))


如果您想要前两个主成分分数的散点图，可以使用
ggplot
进行

library(ggplot2)

ggplot(data=pc_label) + 
  geom_point(aes(x=PC1, y=PC2, colour=y))

如果我正确理解您的问题，
Gally
软件包中的
ggparcoord
将对您有所帮助

library(GGally)
y <- rep(c(1,2,3), 20)

# matrix of 50 variables i.e. 50 columns and 60 rows 
# i.e. 60x50 dimensions (=3000 table cells)   
x <- matrix(rnorm(3000), ncol=50)

xymatrix <- cbind(y,x)
pca <- prcomp(xymatrix, scale=TRUE)

# Principal components score and group label 'y'
pc_label <- data.frame(pca$x, y=as.factor(y))

# Plot the first two principal component scores of each samples
ggparcoord(data=pc_label, columns=1:2, groupColumn=ncol(pc_label))


如果您想要前两个主成分分数的散点图，可以使用
ggplot
进行

library(ggplot2)

ggplot(data=pc_label) + 
  geom_point(aes(x=PC1, y=PC2, colour=y))

下面是一个基本的R解决方案，来说明这是多么简单。首先，仅对
x
矩阵进行PCA，并从结果对象中获得转换变量矩阵，我们称之为
PCs

x <- matrix(rnorm(3000), ncol=50)
pca <- prcomp(x, scale=TRUE)
PCs <- as.matrix(pca$x)

现在只需以散点形式打印，将颜色向量传递到
col

plot(PCs[, 1], PCs[, 2], col=col.labs, pch=19, xlab = "Scores on PC1", ylab="Scores on PC2")

这里有一个基本的R解决方案，来说明这是多么简单。首先，仅对
x
矩阵进行PCA，并从结果对象中获得转换变量矩阵，我们称之为
PCs

x <- matrix(rnorm(3000), ncol=50)
pca <- prcomp(x, scale=TRUE)
PCs <- as.matrix(pca$x)

现在只需以散点形式打印，将颜色向量传递到
col

plot(PCs[, 1], PCs[, 2], col=col.labs, pch=19, xlab = "Scores on PC1", ylab="Scores on PC2")

你能提供创建当前绘图的代码吗？@BLT这绝对不需要双绘图（可能有更好的绘图方法），但下面是我尝试过的代码：
biplot（pca，scale=0，col=c（“橙色”、“红色”、“蓝色”））
这对真实数据有效吗@BLT我可以得到下面要绘制的第一个代码，但我不确定如何使三个类的颜色不同（即所有点都是橙色）
autoplot（pca，color=“orange”）
此代码不起作用：
autoplot（pca，color=c（“橙色”、“红色”、“蓝色”））
你能提供创建当前绘图的代码吗？@BLT这绝对不需要双绘图（可能有更好的方法来绘制），但下面是我尝试过的代码：
biplot（pca，scale=0，col=c（“橙色”、“红色”、“蓝色”））
这对真实数据有效吗@BLT我可以得到下面要绘制的第一个代码，但我不确定如何使三个类的颜色不同（即所有点都是橙色）
autoplot（pca，color=“orange”）
此代码不起作用：
autoplot（pca，color=c（“橙色”、“红色”、“蓝色”）