如何将有序列表合并为一个，保持顺序（使用R）

例如，我有许多有序列表（或序列、或向量、或数据表列）1、2、3，以及一些项目

1 2 3
A A B
G G A
F F G
C E
D C
  D

---

我怎样才能有效地导出“主”列表，该列表包含按正确顺序排列的所有元素B、A、G、F、E、C、D？我甚至不知道要搜索什么关键字。非常感谢任何提示。

有趣的问题。我想我有一个有效的解决办法

我的想法是，我们可以将向量编码成一个矩阵，通过逻辑跟踪每个字母前后必须出现的字母。然后我们应该能够对矩阵进行排序，以找到工作顺序

在这里，我使用三个向量，并使用嵌套循环对它们的隐含顺序进行编码

v1 <- c("A","G","F","C","D","D")
v2 <- c("A","G","F","E","C")
v3 <- c("B", "A","G")

vecs <- list(v1, v2, v3)
unique_ltrs <- unique(unlist(vecs))
ltr_len <- length(unique_ltrs)
m <- matrix(0, nrow = ltr_len, ncol = ltr_len, 
       dimnames = list(unique_ltrs, unique_ltrs))

# Loops to populate m with what we know
for (v in 1:length(vecs)) {
  vec <- unique(unlist(vecs[v]))
  for (l in 1:length(vec)) {
    for (l2 in 1:length(vec)) {
      m_pos <- c(match(vec[l], unique_ltrs),
                 match(vec[l2], unique_ltrs))
      compare <- ifelse(l < l2, -1, ifelse(l2 < l, 1, 0))
      m[m_pos[1], m_pos[2]] <- compare
    }
  }
}

然后我们对矩阵进行排序（取决于代码），行名中会出现一个工作顺序：

m_ord <- m[do.call(order, as.data.frame(m)),]
#> m_ord
#   A  G  F  C  D  E B
#B -1 -1  0  0  0  0 0
#A  0 -1 -1 -1 -1 -1 1
#G  1  0 -1 -1 -1 -1 1
#F  1  1  0 -1 -1 -1 0
#E  1  1  1 -1  0  0 0
#C  1  1  1  0 -1  1 0
#D  1  1  1  1  0  0 0
rownames(m_ord)
#[1] "B" "A" "G" "F" "E" "C" "D"

m_ord m_ord
#A G F C D E B
#B-1-100
#0-1-1-1-1-1-1
#G10-1-1-1-1-1
#F110-1-1-10
#e111-100
#C110-1110
#D 1 1 0 0 0 0
行名（m_ord）
#[1] “B”“A”“G”“F”“E”“C”“D”

基于图形的方法怎么样

主意 其思想是将序列转换为有向图中的路径（因此

agfcd

成为路径

a->G->F->C->D

）。通过简化该图，我们可以识别该图中最长的连接序列，该序列应与您的“主”序列相对应

实施 请注意，我假设您的样本数据

lst

是向量的

列表（参见本答案末尾的样本数据）

让我们从不同的
路径
s构建一个
igraph
；每个路径由
lst
向量中的条目给出

library(igraph)
ig <- make_empty_graph(
    n = length(unique(unlist(lst))),
    directed = TRUE) %>%
    set_vertex_attr("name", value = sort(unique(unlist(lst))))

for (i in 1:length(lst)) ig <- ig + path(lst[[i]])


画这张图很有指导意义

ig <- simplify(ig)

plot(ig)


我们现在提取所有简单路径；最长的简单路径对应于“主”列表

pths您能发布一个您想要的输出示例吗？我已经在问题中澄清了输出应该是什么。有趣的问题。如果你必须用笔和纸来做，你会怎么做？我会比较1和2元素，直到它们不再匹配（第4行）。然后我将1的剩余部分向下移动，用NA填充间隙，直到元素再次匹配。这似乎是一个非常困难的问题。我喜欢这个解决方案！非常感谢你考虑了一个陌生人的问题。不知道为什么会投反对票。有趣问题的有趣答案。（+1）我不理解这个解决方案（以前从未使用过图形），但它看起来很优雅。我会看看我是否能实施它。非常感谢@mcenno我已经添加了更多的细节来详细阐述关键思想。
plot(ig)

pths <- sapply(V(ig), function(x) {
    p <- all_simple_paths(ig, x)
    names(unlist(p[which.max(lengths(p))]))
})

pths[which.max(lengths(pths))]
$B
#[1] "B" "A" "G" "F" "E" "C" "D"

v1 <- c("A","G","F","C","D","D")
v2 <- c("A","G","F","E","C")
v3 <- c("B", "A","G")

lst <- list(v1, v2, v3)