在R/3.0.2中安装minqa时出错_R_Lme4_Rscript

在R/3.0.2中安装minqa时出错

在R/3.0.2中安装minqa时出错,r,lme4,rscript,R,Lme4,Rscript,我正在使用上的README.md文件安装lme4，安装依赖项时失败。我试图单独安装它们，但在安装minqa软件包时仍然崩溃。我正在RHEL6上使用R/3.0.2。在构建过程中，编译器争论RScript不存在，我检查它是否在R/bin文件夹中以下是R安装的日志： $ R CMD INSTALL minqa_1.2.2.tar.gz * installing to library ‘/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library’ * installing *

我正在使用上的README.md文件安装

lme4

，安装依赖项时失败。我试图单独安装它们，但在安装

minqa

软件包时仍然崩溃。我正在RHEL6上使用R/3.0.2。在构建过程中，编译器争论RScript不存在，我检查它是否在R/bin文件夹中

以下是R安装的日志：

$ R CMD INSTALL minqa_1.2.2.tar.gz 
* installing to library ‘/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library’
* installing *source* package ‘minqa’ ...
** package ‘minqa’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gfortran   -fpic  -g -O2  -c altmov.f -o altmov.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c bigden.f -o bigden.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c biglag.f -o biglag.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c bobyqa.f -o bobyqa.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c bobyqb.f -o bobyqb.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c lagmax.f -o lagmax.o
g++ -I/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library/Rcpp/include"   -fpic  -g -O2  -c minqa.cpp -o minqa.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c newuoa.f -o newuoa.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c newuob.f -o newuob.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c prelim.f -o prelim.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c rescue.f -o rescue.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c trsapp.f -o trsapp.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c trsbox.f -o trsbox.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c trstep.f -o trstep.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c uobyqa.f -o uobyqa.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c uobyqb.f -o uobyqb.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c update.f -o update.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c updatebobyqa.f -o updatebobyqa.o
Rscript execution error: No such file or directory
g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o minqa.so altmov.o bigden.o biglag.o bobyqa.o bobyqb.o lagmax.o minqa.o newuoa.o newuob.o prelim.o rescue.o trsapp.o trsbox.o trstep.o uobyqa.o uobyqb.o update.o updatebobyqa.o -lgfortran -lm -L/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/lib -lR
Rscript execution error: No such file or directory
installing to /gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library/minqa/libs
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library/minqa/libs/minqa.so':
  /gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library/minqa/libs/minqa.so: undefined symbol: _ZTIN4Rcpp7RObjectE
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library/minqa’

尝试将lme4从1.0-5升级到1.0-6时，也会出现类似错误。错误消息类似于：

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
  unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/minqa/libs/minqa.so':
  libRcpp.so: cannot open shared object file: No such file or directory
ERROR: lazy loading failed for package ‘lme4’

要解决此问题，请按以下顺序安装软件包：

install.packages('Rcpp')
install.packages('RcppEigen')
install.packages('minqa')
install.packages('lme4')

我猜这与RCpp有关；只需将版本从0.10.6升级到0.11.0，就会发生一些ABI中断更改

从

/usr/share/R/share/make/shlib.mk:6:目标'minqa.so'的配方制作失败：**[minqa.so]错误1

我在安装minqa（lme4需要）时遇到了相同的错误。这是由于/etc/R/Rprofile.site中的modify.First（）引起的

去活性。先用R--香草。

这很奇怪。问r-sig-mixed-MODEL可能更好，但是。。。我认为这一定是某种通用环境配置问题。您是否能够：（1）从源代码安装CRAN软件包？（2）通过

devtools:：install\u github

安装其他软件包？由于

minqa

在CRAN上，请先尝试

install.packages（“minqa”）

，然后重新尝试您的

install\u github（“lme4”、“lme4”）

…PS我从谷歌搜索您的错误消息得到的只是。。。你从

系统（“哪个Rscript”）

中得到了什么？@BenBolker

[install@lionxv3.0.2]$哪个Rscript/usr/global/R/3.0.2/R/bin/Rscript

同意，这很奇怪。对于R/3.0.1来说，它的工作非常直接。我可以从源代码安装CRAN包，但没有尝试devtools:：install\u github。我要试一试。我还运行了

install.package（“minqa”，dependencies=TRUE）

，但仍然得到相同的错误。这代替了g++编译器。此日志来自OS RHEL5:

icpc-shared-L/usr/local/lib64-o minqa.so altmov.o bigden.o biglag.o bobyqa.o bobyqb.o lagmax.o minqa.o newuoa.o newuob.o prelim.o rescue.o trsapp.o trsbox.o trstep.o uobyqa.o uobyqb.o update.o updatebobyqa.o updatebobyqa.o-L/gpfs/apps/x86/R/3.0.1/lib64/R/Rcpp-rpath，/gpfs/apps/x86_64-rhel5/R/3.0.1/lib64/R/library/Rcpp/lib-lifport-lifcore-limf-lsvml-lm-lipgo-lirc-lpthread-lirc_s-ldl-L/usr/global/R/3.0.1/lib64/R/R/apps/x86_64-rhel5/R/R/R/3.0.1/lib64/R/lib/lib/lib/lib/lib/lib/lib/R/lib/R/minqa/libs是否应该是“Rcpp”而不是“Rcpp”
在安装之前lme4
为我解决了这个问题。由于与在安装过程中使用输出“Hello[…]的启动脚本重新启动有关的不明原因“每次，minqa
软件包都必须安装在R--vanilla
下。这就解决了我的问题。如果您使用的是linux:sudo apt get build dep r-cran-lme4