R 将函数应用于列表中所有有意义的组合，并以矩阵格式保存

我想将函数（距离矩阵之间的距离）应用于距离矩阵列表，并以矩阵/表格格式提取计算值

使用

ecodist

包进行计算，并嵌套

lappy

以实现

MRM

距离计算的所有可能组合

第1部分：

library("ecodist")

#example data
data(graze) 

#make list to get it looking like my data
grazelist<-as.list.data.frame(graze) 
    
#all vs all distance combination
grazedist<-lapply(names (grazelist),function(z) 
               lapply(names(grazelist),function(f)
              MRM(dist(grazelist [[z]])~ dist(grazelist[[f]]),nperm=1)))
 

我知道如何将它作为

txt

或

csv

文件，用于未从列表中处理的简单R输出（称为

MRM\u计算

）

但是如何从列表中以数据帧、表格或直接矩阵格式收集

$coef

的所有

dist

值呢

比如：

mapply(write.csv2, x=grazedist$coef, 
file=paste(names(grazedist),"value.csv"))

---

我在列表中使用了更大的矩阵（1500x1500），但希望示例数据

graze

足以作为一个可复制的示例。

您可以使用

combn

，它仅为示例数据生成351个组合，而不是使用嵌套

lappy

生成729个组合（27 X 27）。然后，您可以使用

combn

中的

FUN

参数将函数应用于每个组合，并在

coef

中提取

dist

值并将其写入数据帧

library(ecodist)
df <- data.frame(value = combn(names(grazelist), 2, function(x)
         MRM(dist(grazelist[[x[1]]])~ dist(grazelist[[x[2]]]),nperm=1)$coef[[2]]))

---

谢谢你的建议！为了更好地理解，

，2，

在

combn（名称（grazelist），2，函数（x）

之间做了什么？@KonradWeber 2指定了从向量

名称（grazelist）

中选择的元素数量。因此在本例中，它创建了两个名称的组合。请参见

combn（c（“ab”，“cd”，“ef”），2）的输出示例

。您也可以在

？combn

上阅读更多有关它的信息。

mapply(write.csv2, x=grazedist$coef, 
file=paste(names(grazedist),"value.csv"))

library(ecodist)
df <- data.frame(value = combn(names(grazelist), 2, function(x)
         MRM(dist(grazelist[[x[1]]])~ dist(grazelist[[x[2]]]),nperm=1)$coef[[2]]))

write.csv(df, "/path/to/file/filename.csv", row.names = FALSE)