R 将堆叠条形图作为注释时仅显示一个条形图
我试图在热图上制作一个堆叠的条形图作为柱注释。我使用R 将堆叠条形图作为注释时仅显示一个条形图,r,bar-chart,R,Bar Chart,我试图在热图上制作一个堆叠的条形图作为柱注释。我使用ComplexHeatmap 这是条形图的输入(foo): V1 V2 V3 1 28.50 67.30 0.00 2 0.00 63.90 25.40 3 16.30 67.80 15.90 4 24.10 75.30 0.00 5 0.00 70.90 20.60 6 18.90 62.50 13.90 7 19.80 68.70 11.50 8 22.60 64.90 10.10 9 28
ComplexHeatmap
这是条形图的输入(foo):
V1 V2 V3
1 28.50 67.30 0.00
2 0.00 63.90 25.40
3 16.30 67.80 15.90
4 24.10 75.30 0.00
5 0.00 70.90 20.60
6 18.90 62.50 13.90
7 19.80 68.70 11.50
8 22.60 64.90 10.10
9 28.10 66.80 0.00
10 16.60 74.30 0.08
11 0.14 79.90 0.06
12 23.70 0.71 0.00
13 26.70 66.60 0.00
14 16.80 58.20 20.60
15 13.30 82.20 0.00
16 0.32 61.70 6.30
17 21.50 62.20 0.14
为了简单起见,我删除了其他注释和热图,只制作了“麻烦”注释图。这是我的代码:
library(ComplexHeatmap)
ha = HeatmapAnnotation(barplot = anno_barplot(foo), annotation_height = unit(30,"mm"))
hm = Heatmap(zero_row_mat, top_annotation = ha)
hm
这是得到的条形图
阅读
ComplexHeatmap
参考手册时,我本来希望得到一个堆叠的条形图,因为我的输入是一个矩阵
(具有多个列),但我得到的却是一个条形图。我不知道我做错了什么。有什么想法吗?你说得对,当我跑步时:
DF <- data.frame( A = rep(c(0,5), 5), B = 2:11, C = 3:12 )
hb = HeatmapAnnotation(barplot = anno_barplot(DF), annotation_height = unit(30,"mm"))
hm = Heatmap(matrix(1:10,nrow=1), top_annotation = hb)
hm
DF不确定。我想先更新你所有的软件包吧。然后,您可以尝试使用DF
在基准R中制作堆叠条形图吗?