在内部将rscript编织为pdf

我正在创建一个CL Rscript，它使用optpass获取标志输入。在这个脚本的最后，我希望能够编织成pdf，同时将用户输入保存为变量

单独添加

rmarkdown:：render（）

命令会导致递归错误，并添加

当作为一个整体运行时，`rmarkdown:：render（）`不执行任何操作

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理想情况下，这将生成一个编织的pdf，其中所有图形都显示在生成它们的代码旁边，并且我能够在图形函数旁边显示带有打印语句的可变输入值。

没有更多信息，很难给出真正的答案。如果我理解正确，这可能就是您想要的：将其设置为两个文件–一个是定义所需分析输出的knitr（*.Rnw）文件，另一个是一个简单的R脚本文件，它采用命令行选项，将它们放入适当的变量中，然后在Rnw文件上运行knitr。我正在尝试在.R文件中运行seurat分析，该文件接受变量的标志。理想情况下，其中一个标志可以发出命令来检索编织的Rscript，而不仅仅是所有图形的pdf输出。您知道.Rnw文件是否可以从命令行在RStudio之外运行吗？我不确定我是否完全理解您想要的工作流-也许您应该在问题中对此进行详细说明。。无论如何，knitr绝对不需要R-Studio：事实上，我的编辑器使用的不是R-Studio，而是普通的R+vim。您可以编写一个R脚本，该脚本执行

foo