如何将特定文件从子文件夹复制到R中的另一个文件夹？

新年快乐

嗨

我想将子文件夹中具有特定名称的文件复制到另一个文件夹（与主文件夹同名）。 为了澄清我的问题，我举了一个例子。父文件夹（“Histormach”）包含60个子文件夹（即第一个子文件夹：“TCGA_02”、“TCGA_06”、…），每个文件夹包含4个子文件夹（即第二个子文件夹：“f”、“T1”、“T2”、“t1c”），每个文件夹中都有多个文件

我想从这些文件中选择具有类似“_skullstrip_out.nii”模式的特定文件，然后将其复制到另一个文件夹（即“基线”），并使用相同的第一个子文件夹名称（即“TCGA-02”、“TCGA_06”…）

我试过这个密码

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parent\u folder我理解你的问题，我认为下面的内容会让你走得更远。至少，您的所有
for
循环都应该是不必要的。相反，您应该将现有的文件操作函数与递归参数一起使用

您没有提供任何要使用的数据。我在R目录中到处玩文件。我尝试对“doc”文件夹中的所有.pdf文件执行基本相同的操作，并将它们复制到与“doc”相同级别的“mytest”文件夹（即工作目录）

我理解你的问题，我认为以下几点会让你走得更远。至少，您的所有
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循环都应该是不必要的。相反，您应该将现有的文件操作函数与递归参数一起使用

您没有提供任何要使用的数据。我在R目录中到处玩文件。我尝试对“doc”文件夹中的所有.pdf文件执行基本相同的操作，并将它们复制到与“doc”相同级别的“mytest”文件夹（即工作目录）

# To make a reproducible example  
setwd(R.home()) # Your working dir should be the folder "PHD" that contains "Histomach". 

# Define from and to dirs, and the file pattern
from_dir <- "doc"     # should be "Histomach" in your case
to_dir   <- "mytest"  # "base-line"
pattern  <- ".pdf"    # "_skullstrip_out.nii",


# Get all relevant files
the_files <- list.files(path = from_dir, 
                        recursive = TRUE,
                        pattern = pattern)

# Create the "to_dir" as well as all corresponding subdirs (where files to copy were found)
sapply(file.path(to_dir, dirname(the_files)), 
       dir.create, recursive = TRUE, showWarnings = FALSE)

# Copy the files
file.copy(from = file.path(from_dir, the_files), 
          to   = file.path(to_dir,   the_files))

file.remove(file.path(to_dir, the_files))