捕捉到R中的segfault错误

每次尝试从

ggplot2

软件包（1.0.0）运行任何绘图功能时，我都会收到一个

catch segfault

错误。我用

qplot

，

geom\u点图

，

geom\u柱状图

，等等进行了尝试。包中的数据（例如

钻石

或

经济

）工作正常

我在MacOS10.9.4（最新版本）和R3.1.1（也是最新版本）上操作。我在标准R GUI、RStudio和从命令行使用R时也会遇到同样的错误。该命令会显示默认图形设备（Quartz用于R GUI和命令行），但也会显示终端错误

library(ggplot2)
qplot(1:10)

给我一个错误：

*** caught segfault ***
address 0x18, cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("plyr_split_indices", PACKAGE = "plyr", group, n)
 2: split_indices(scale_id, n)
 3: scale_apply(layer_data, x_vars, scale_train, SCALE_X, panel$x_scales)
 4: train_position(panel, data, scale_x(), scale_y())
 5: ggplot_build(x)
 6: print.ggplot(list(data = list(), layers = list(<environment>),     scales = <S4 object of class "Scales">, mapping = list(x = 1:3),     theme = list(), coordinates = list(limits = list(x = NULL,         y = NULL)), facet = list(shrink = TRUE), plot_env = <environment>,     labels = list(x = "1:3", y = "count")))
 7: print(list(data = list(), layers = list(<environment>), scales = <S4 object of class "Scales">,     mapping = list(x = 1:3), theme = list(), coordinates = list(        limits = list(x = NULL, y = NULL)), facet = list(shrink = TRUE),     plot_env = <environment>, labels = list(x = "1:3", y = "count")))

Possible actions:

 1: abort (with core dump, if enabled)
 2: normal R exit
 3: exit R without saving workspace
 4: exit R saving workspace

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我从其他人那里得知，这是某种内存问题，但即使我有超过2GB的可用RAM，也会发生此错误。我知道这是一个被广泛使用的软件包，所以当然这不会发生在每个人身上，但为什么会发生在我身上呢？有人知道我能做些什么来解决这个问题吗？

如果将来有人遇到这个问题或类似问题，我会向软件包维护人员发送一份错误报告，他建议卸载所有已安装的软件包并重新开始。我接受了他的建议，结果成功了

我听从了这个帖子的建议：

---

ip这不是对这个问题的回答，但可能对某些人有用。当我创建一个pdf图形设备，然后使用
plot
时，出现了一些错误。这发生在运行在Scientific Linux 6.7版上的R2.15.3、3.2.4和其他一两个版本上。我尝试了许多不同的方法，但我能让它工作的唯一方法是（a）使用
png
或
tiff
而不是
pdf
，或者（b）保存大型
.RData
文件，然后使用完全独立的R程序来创建图形
 这不是对这个问题的回答，但它可能对某些人有所帮助。（灵感来自用户1310503。谢谢！）

我正在用三个col处理data.frame df：col1、col2、col3。
最初,

df =data.frame(col1=character(),col2=numeric(),col3=numeric(),stringsAsFactors = F)

在此过程中，rbind被多次使用，如：

aList<-list(col1="aaa", col2 = "123", col3 = "234")
dfNew <- as.data.frame(aList)
df <- rbind(df, dfNew)

df有5973行和3列。“捕获故障”总是发生在：

address 0x1, cause 'memory not mapped'.　

这个问题的解决办法是：

aList<-list(col1=as.character("aaa"), col2 = as.numeric("123"), col3 = as.numeric("234"))
dfNew <- as.data.frame(aList)
dfNew$col1 <- as.characer(dfNew$col1)
dfNew$col2 <- as.numeric(dfNew$col2)
dfNew$col3 <- as.numeric(dfNew$col3)
df <- rbind(df, dfNew)

aListSo如果您启动一个全新的R会话并仅运行这两个命令（
library（ggplot2）；qplot（1:10）
），您会收到该错误吗？运行
library（ggplot2）
后，您能否将
sessionInfo（）的输出也添加到您的问题中。@MrFlick，是的，这是正确的。此错误发生在全新的R会话期间<添加代码>会话信息
输出。何时何地加载“marelac_2.1.3、seacarb_3.0、shape_1.4.1、Beeper_1.1 birk_1.1”软件包？您是否在某处设置了
.Rprofile
？当您启动R时，它是否正在还原已保存的工作区（工作目录中是否有
.Rdata
文件）？@MrFlick，所有这些包都是从
.Rprofile
加载的，是的。但是，即使删除
.Rprofile
，也会出现同样的问题。R没有还原已保存的工作区。因此，这是一个开始。您是否安装了为SL版本开发的ggplot2二进制文件？然后您可以使用
sapply（pkgs.to.remove，install.packages）重新安装它们。
我也遇到了类似的问题（使用IRKernel/rzmq），但卸载重新安装的软件包没有帮助；请参阅：。@CephBirk关于未从CRAN安装的软件包的情况如何：）？然后
install.packages
就我而言，它不起作用。我的错误与
utils:：download.file
有关，仅在运行
devtools:：test（）
时失败，并且仅在从rstudio完成时失败。我实现的解决方案只是使用
system（“wget…”）
而不是download.file。如果你能找到解决方法或原因，请告诉我。这很有趣。只有当内存中有一个非常大的对象时，我才得到SEGFULTS（这个对象没有在
plot
命令中使用）。你也一样吗？因此，我的另一个想法是将大对象保存到磁盘并从内存中删除，或者在执行
pdf
之前，或者在
pdf
和
plot
之间，然后重新加载它。但我还没有尝试过这个，因为它需要一些重写。在我的例子中，我没有任何大型对象。在运行“plot（1:10）”命令之前，我显式地运行了一个“gc（）”来强制垃圾收集，并检查了可用内存。当时它有超过20GB的空闲内存，这正是我想要的。我没有确保我的列在rbind（）之前以相同的顺序出现。只需像rbind（）之前那样对列重新排序即可解决此问题。
data.table::fwrite(x = df, file = fileDF, append = FALSE, row.names = F, quote = F, showProgress = T)

address 0x1, cause 'memory not mapped'.　

aList<-list(col1=as.character("aaa"), col2 = as.numeric("123"), col3 = as.numeric("234"))
dfNew <- as.data.frame(aList)
dfNew$col1 <- as.characer(dfNew$col1)
dfNew$col2 <- as.numeric(dfNew$col2)
dfNew$col3 <- as.numeric(dfNew$col3)
df <- rbind(df, dfNew)