R windows上的Gnu make更改搜索路径

我正在用knitr和latex在linux上编写一个文档。我制作了一个小的makefile来自动化构建。它在linux上运行得非常好，但在windows上却有问题。让我得到

C:\Users\samde_000\Documents\GaussianProcess-Course>make
mkdir -p build && \
    cp src/GPcourse.Rnw build/GPcourse.Rnw && \
    cd build && \
    Rscript -e "library(knitr); knit(\"GPcourse.Rnw\")"
Error in library(knitr) : there is no package called 'knitr'
Execution halted

所以我检查了这个以确定问题：

C:\Users\samde_000\Documents\GaussianProcess-Course>Rscript -e ".libPaths()"
[1] "C:/Users/samde_000/Documents/R/win-library/3.2"
[2] "C:/Program Files/R/R-3.2.2/library"

C:\Users\samde_000\Documents\GaussianProcess-Course>Rscript -e "library(knitr)"

因此，在使用make时，无法找到包。但是手动发出相同的命令，就可以找到包

为了绝对确保差异是由于使用make造成的，我稍微修改了Makefile以输出R搜索路径：

C:\Users\samde_000\Documents\GaussianProcess-Course>make
mkdir -p build && \
    cp src/GPcourse.Rnw build/GPcourse.Rnw && \
    cd build && \
    Rscript -e ".libPaths()" && \
    Rscript -e "library(knitr); knit(\"GPcourse.Rnw\")"
[1] "C:/Program Files/R/R-3.2.2/library"
Error in library(knitr) : there is no package called 'knitr'
Execution halted

这表明make发出命令时。搜索路径以某种方式更改为仅包含

“C:/Program Files/R/R-3.2.2/library”

如果我是正确的，在一个子shell中发布所有食谱。也许这是在制造麻烦？总之，我对windows没有太多经验，我不知道如何在使用make时保持相同的R搜索路径

---

我之所以问这个问题，是因为一位合著者在windows上工作。因此，makefile应该与linux和windows兼容。

您是否将

C:/Users/samde_000/Documents/R/win library/3.2

添加到一些shell启动文件或类似文件中的R libpath中？至少我不知道。但也许是某个安装人员帮我做的。这可能吗？诚然，我对makefiles基本一无所知，但我想使用makefile时，

Rscript

可能会在不同的用户帐户下启动。您可以通过在makefile内外执行

echo%username%

来验证这一点。当然可能。您是从

cmd.exe

、cygwin shell还是其他什么地方运行此命令？

echo%username%

在

cmd.exe

shell中键入命令时会打印我的用户名，但从makefile打印时只会再次返回

%username%

。换句话说，

username

变量不存在。