访问R'；来自Bash的环境变量

我正试图从bash访问R。安装指南一开始让我相信$R_HOME是在bash中声明的。然而，这似乎并不准确

有没有办法从bash访问这些环境变量

前面的问题询问了如何使用Sys.getenv（）或Sys.setenv（）从R中访问这些变量。这个问题的重点是能够通过bash访问信息。仅调用

echo$R_HOME

不会在bash变量中生成适当的路径

例如，我能够使用复杂的方法获取信息：

R_HOME=$(Rscript -e "Sys.getenv('R_HOME')" | grep -Po '".*?"' | sed 's/"//g')

因此，我将收到： [1] “/usr/lib64/R”

Grep接着给出： “/usr/lib64/R”

最后，他说： /usr/lib64/R

我真的更愿意找到一种方法，让我不用经过这个过程就可以访问所有的环境变量

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中列出了一些环境变量的定义。但是，它们在bash中都不可用。

不，这些变量在bash中都不可用——除非您自己设置它们

您可能会对

？Startup

感兴趣，它解释了R如何设置环境变量的过程：

除非命令行中没有给出环境，否则R将搜索要处理的站点和用户文件，以设置环境变量。站点文件的名称是环境变量R_ENVIRON指向的名称；如果未设置此项，则使用“R_HOME/etc/Renviron.site”（如果存在此项，则不会在“factory fresh”安装中使用）。用户文件的名称可以由R_ENVIRON_user环境变量指定；如果未设置，则搜索的文件是当前目录或用户主目录中的“.Renviron”（按该顺序）

请注意，您可以运行两个脚本，它们将具有不同的

Renviron

文件，从而具有不同的环境变量。我不知道你想做什么，但值得记住的是，给定的变量可能没有一个真值

也就是说，您可以读取默认的

Renviron

，然后自己设置所有变量：

$ R_HOME=`R RHOME`
$ source $R_HOME/etc/Renviron
$ echo $R_PAPERSIZE
a4

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如果未在

bash

中设置它，但您需要使用它，为什么不这样做：

R_HOME=`Rscript --silent -e 'writeLines(Sys.getenv("R_HOME"))'`
echo $R_HOME
/Library/Frameworks/R.framework/Resources

（显然，我使用的是OS X）

您可以通过以下方式获得所有

R\u

变量：

Rscript -e 'for (x in grep("^R_", names(Sys.getenv()), value=TRUE)) writeLines(sprintf("%s=%s", x, Sys.getenv(x)))'

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然后为您的

bash

脚本获取该脚本的输出。

这可能比前面两个答案所建议的要简单：

因为

RHOME

非常重要，所以请执行

R RHOME

：

edd@don:~$ R RHOME
/usr/lib/R
edd@don:~$ val=$(R RHOME)
edd@don:~$ echo ${val}
/usr/lib/R
edd@don:~$ 

基本上，所有其他配置都可以通过

R CMD config…

edd@don:~$ R CMD config --help | head -20
Usage: R CMD config [options] [VAR]

Get the value of a basic R configure variable VAR which must be among
those listed in the 'Variables' section below, or the header and
library flags necessary for linking against R.

Options:
  -h, --help            print short help message and exit
  -v, --version         print version info and exit
      --cppflags        print pre-processor flags required to compile
            a C/C++ file using R as a library
      --ldflags         print linker flags needed for linking a front-end
                        against the R library
      --no-user-files  ignore customization files under ~/.R
      --no-site-files  ignore site customization files under R_HOME/etc

Variables:
  BLAS_LIBS     flags needed for linking against external BLAS libraries
  CC            C compiler command
  CFLAGS        C compiler flags
edd@don:~$ 

最后，对于正在运行的R会话，您可以启动一个并访问它：

edd@don:~$ Rscript -e 'cat(Sys.getenv("PATH"))'     # manual break
/home/edd/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:\
/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/gamesedd@don:~$