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如果加载了ggplot2包，则对对象调用'str'会出错

r debugging

如果加载了ggplot2包，则对对象调用'str'会出错,r,debugging,ggplot2,R,Debugging,Ggplot2,使用Debian Squence上的R 2.15.3、ggplot2 0.9.3.1和GTTable 0.1.2对以下内容进行了测试 在调试此ggplot2问题的过程中 ，我遇到了一些我不知道如何调试的东西。我已经在Bitbucket中创建了一个包含相关信息的存储库 该回购协议的相关信息复制如下。 如果你不想使用Mercurial，相关的 包含序列化R数据的文件可以直接从下载 要复制addgrob.asc.save，您可以在gtable的补丁中使用Debian包，或者如果您愿意，也可以在脚本中

使用Debian Squence上的
R 2.15.3
、
ggplot2 0.9.3.1
和
GTTable 0.1.2
对以下内容进行了测试

在调试此ggplot2问题的过程中 ，我遇到了一些我不知道如何调试的东西。我已经在Bitbucket中创建了一个包含相关信息的存储库

该回购协议的相关信息复制如下。 如果你不想使用Mercurial，相关的 包含序列化R数据的文件可以直接从下载

要复制
addgrob.asc.save
，您可以在
gtable
的补丁中使用Debian包，或者如果您愿意，也可以在脚本中使用

问题摘要：在对象上运行R的
str
函数（这里称为
x
） 如果加载了
ggplot2
，则会给出错误，否则不会出现错误。我不知道发生了什么事， 因此，任何指点都将不胜感激

###############################################################
要复制此错误，请执行以下操作

从右开始

> ls()
character(0)
> load("addgrob.asc.save")
> ls()
[1] "grobs"  "layout" "x"

> str(x, max.level=1)
List of 10
 $ grobs   :List of 8
 $ layout  :'data.frame':       8 obs. of  7 variables:
   $ widths  :Class 'unit'  atomic [1:6] 1.5 6.096 0.762 1.961 0 ...
  .. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
  .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
 $ heights :Class 'unit'  atomic [1:7] 1.5 2.53 1.52 6.1 6.1 ...
  .. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
  .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
 $ respect : logi FALSE
 $ rownames: NULL
 $ colnames: NULL
 $ name    : chr "layout"
 $ gp      : NULL
 $ vp      : NULL
 - attr(*, "class")= chr [1:3] "gtable" "grob" "gDesc"

## Now update x
> x$grobs <- c(x$grobs, grobs)
> x$layout <- rbind(x$layout, layout)

> str(x, max.level=1)
List of 10
 $ grobs   :List of 11
 $ layout  :'data.frame':       11 obs. of  7 variables:
   $ widths  :Class 'unit'  atomic [1:6] 1.5 6.096 0.762 1.961 0 ...
  .. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
  .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
 $ heights :Class 'unit'  atomic [1:7] 1.5 2.53 1.52 6.1 6.1 ...
  .. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
  .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
 $ respect : logi FALSE
 $ rownames: NULL
 $ colnames: NULL
 $ name    : chr "layout"
 $ gp      : NULL
 $ vp      : NULL
 - attr(*, "class")= chr [1:3] "gtable" "grob" "gDesc"

> library(ggplot2)

> str(x, max.level=1)
List of 11
 $ grobs   :List of 11
 $ layout  :'data.frame':       11 obs. of  7 variables:
   $ widths  :Class 'unit'  atomic [1:6] 1.5 6.096 0.762 1.961 0 ...
  .. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
  .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
 $ heights :Class 'unit'  atomic [1:7] 1.5 2.53 1.52 6.1 6.1 ...
  .. ..- attr(*, "unit")= chr "mm"
  .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 7
 $ respect : logi FALSE
 $ rownames: NULL
 $ colnames: NULL
 $ name    : chr "layout"
 $ gp      : NULL
 $ vp      : NULL
 $ NA:Error in object[[i]] : subscript out of bounds
traceback（）的输出为

附录：在Python中，可以设置一些东西，以便在执行函数时调用的所有代码行都被写入文件中。这可能相当大，但如果在R中可以做到这一点，这将有助于澄清问题。我在谷歌上搜索了一下，但我只找到了各种调试工具

附录2：我已经为此创建了问题。

可以更简单地通过以下方法重新创建错误：

x[11]
我认为现在发生的是，您的“x”对象是在一个工作环境中创建的，该工作环境中有“[”个用于“GTTable”对象的方法。您现在将其带回一个一开始没有的工作区，然后在加载ggplot2后，现在有了某种“[”-ggplot2引用的方法，即使未加载
gtables
包

我无法通过加载pkg:gtable解决问题。但我不相信“gtable”是一个格式正确的包，因为
sessionInfo（）
拒绝报告其注册，尽管
require（gtable）
报告成功

> require(gtable)
Loading required package: gtable
> `[.gtable`(x, 11)
Error: could not find function "[.gtable"
No suitable frames for recover()
> x[11]
Error in if (any(index < 0)) { : missing value where TRUE/FALSE needed

Enter a frame number, or 0 to exit   

1: x[11]
2: `[.gtable`(x, 11)
3: x$heights[rows]
4: `[.unit`(x$heights, rows)

Selection: 0
> sessionInfo()

R version 3.0.0 RC (2013-03-31 r62463)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] grid      grDevices datasets  splines   graphics  utils     stats    
[8] methods   base     

other attached packages:
 [1] gtable_0.1.2        RCurl_1.95-4.1      bitops_1.0-5       
 [4] data.table_1.8.8    gplots_2.11.0       MASS_7.3-26        
 [7] KernSmooth_2.23-10  caTools_1.14        gdata_2.12.0       
[10] gtools_2.7.1        ggplot2_0.9.3.1     gridExtra_0.9.1    
[13] HH_2.3-36           colorspace_1.2-1    reshape_0.8.4      
[16] plyr_1.8            latticeExtra_0.6-24 RColorBrewer_1.0-5 
[19] leaps_2.9           multcomp_1.2-17     mvtnorm_0.9-9994   
[22] rms_3.6-3           Hmisc_3.10-1        survival_2.37-4    
[25] sos_1.3-5           brew_1.0-6          lattice_0.20-15    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] cluster_1.14.4  dichromat_2.0-0 digest_0.6.3    fortunes_1.5-0 
 [5] labeling_0.1    munsell_0.4     proto_0.3-10    reshape2_1.2.2 
 [9] scales_0.2.3    stringr_0.6.2   tools_3.0.0  

>需要（gtable）
加载所需包：gtable
>`[.gtable`（x，11）
错误：找不到函数“[.gtable”
没有适合恢复的帧（）
>x[11]
if（any（index<0））{中出错：缺少需要TRUE/FALSE的值
输入帧编号，或输入0退出
1:x[11]
2:`[.gtable`（x，11）
3:x$高度[行]
4:`[.unit`（x$高度，行数）
选择：0
>sessionInfo（）
R版本3.0.0 RC（2013-03-31 r62463）
平台：x86_64-apple-darwin10.8.0（64位）
区域设置：
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
附加基本包：
[1] 网格grDevices数据集样条曲线图形utils统计
[8] 方法库
其他随附包裹：
[1] GTTable_0.1.2 RCurl_1.95-4.1比特运算_1.0-5
[4] 数据表1.8.8 GPU 2.11.0质量表7.3-26
[7] KernSmooth_2.23-10 caTools_1.14 gdata_2.12.0
[10] gtools_2.7.1 ggplot2_0.9.3.1 gridExtra_0.9.1
[13] HH_2.3-36色彩空间_1.2-1重塑_0.8.4
[16] plyr_1.8格子额外_0.6-24 RColorBrewer_1.0-5
[19] 跳跃2.9 multcomp 1.2-17 mvtnorm 0.9-9994
[22]rms_3.6-3 Hmisc_3.10-1生存率_2.37-4
[25]sos_1.3-5 brew_1.0-6 lattice_0.20-15
通过命名空间加载（未附加）：
[1] 集群1.14.4重铬酸盐2.0-0摘要0.6.3财富1.5-0
[5] 标记0.1蒙塞尔0.4原型0.3-10重塑2 1.2.2
[9] 比例尺\u 0.2.3纵梁\u 0.6.2工具\u 3.0.0
（我确实安装了GTTable 0.1.2。）

附录：可使用此代码复制：

test <- data.frame(x=1:20, y=21:40, 
                  facet.a=rep(c(1,2), 10), 
                  facet.b=rep(c(1,2), each=20))
p <- qplot(data=test, x=x, y=y, facets=facet.b~facet.a)
# get gtable object
z <- ggplot_gtable(ggplot_build(p))
length(z)
#[1] 16
z[16]  # drops into browser

test可以更简单地通过以下方法重新创建错误：


x[11]


我认为现在发生的是，您的“x”对象是在一个工作环境中创建的，该工作环境中有“[”个用于“GTTable”对象的方法。您现在将其带回一个一开始没有的工作区，然后在加载ggplot2后，现在有了某种“[”-ggplot2引用的方法，即使未加载
gtables
包

我无法通过加载pkg:gtable解决问题。但我不相信“gtable”是一个格式正确的包，因为
sessionInfo（）
拒绝报告其注册，尽管
require（gtable）
报告成功


> require(gtable)
Loading required package: gtable
> `[.gtable`(x, 11)
Error: could not find function "[.gtable"
No suitable frames for recover()
> x[11]
Error in if (any(index < 0)) { : missing value where TRUE/FALSE needed

Enter a frame number, or 0 to exit   

1: x[11]
2: `[.gtable`(x, 11)
3: x$heights[rows]
4: `[.unit`(x$heights, rows)

Selection: 0
> sessionInfo()

R version 3.0.0 RC (2013-03-31 r62463)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] grid      grDevices datasets  splines   graphics  utils     stats    
[8] methods   base     

other attached packages:
 [1] gtable_0.1.2        RCurl_1.95-4.1      bitops_1.0-5       
 [4] data.table_1.8.8    gplots_2.11.0       MASS_7.3-26        
 [7] KernSmooth_2.23-10  caTools_1.14        gdata_2.12.0       
[10] gtools_2.7.1        ggplot2_0.9.3.1     gridExtra_0.9.1    
[13] HH_2.3-36           colorspace_1.2-1    reshape_0.8.4      
[16] plyr_1.8            latticeExtra_0.6-24 RColorBrewer_1.0-5 
[19] leaps_2.9           multcomp_1.2-17     mvtnorm_0.9-9994   
[22] rms_3.6-3           Hmisc_3.10-1        survival_2.37-4    
[25] sos_1.3-5           brew_1.0-6          lattice_0.20-15    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] cluster_1.14.4  dichromat_2.0-0 digest_0.6.3    fortunes_1.5-0 
 [5] labeling_0.1    munsell_0.4     proto_0.3-10    reshape2_1.2.2 
 [9] scales_0.2.3    stringr_0.6.2   tools_3.0.0  



>需要（gtable）
加载所需包：gtable
>`[.gtable`（x，11）
错误：找不到函数“[.gtable”
没有适合恢复的帧（）
>x[11]
if（any（index<0））{中出错：缺少需要TRUE/FALSE的值
输入帧编号，或输入0退出
1:x[11]
2:`[.gtable`（x，11）
3:x$高度[行]
4:`[.unit`（x$高度，行数）
选择：0
>sessionInfo（）
R版本3.0.0 RC（2013-03-31 r62463）
平台：x86_64-apple-darwin10.8.0（64位）
区域设置：
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
附加基本包：
[1] 网格grDevices数据集样条曲线图形utils统计
[8] 方法库
其他随附包裹：
[1] GTTable_0.1.2 RCurl_1.95-4.1比特运算_1.0-5
[4] 数据表1.8.8 GPU 2.11.0质量表7.3-26
[7] KernSmooth_2.23-10 caTools_1.14 gdata_2.12.0
[10] gtools_2.7.1 ggplot2_0.9.3.1 gridExtra_0.9.1
[13] HH_2.3-36色彩空间_1.2-1重塑_0.8.4
[16] plyr_1.8格子额外_0.6-24 RColorBrewer_1.0-5
[19] 跳跃2.9 multcomp 1.2-17 mvtnorm 0.9-9994
[22]rms_3.6-3 Hmisc_3.10-1生存率_2.37-4
[25]sos_1.3-5 brew_1.0-6 lattice_0.20-15
通过命名空间加载（未附加）：
[1] 集群1.14.4重铬酸盐2.0-0摘要0.6.3财富1.5-0
[5] 标记0.1蒙塞尔0.4原型0.3-10重塑2 1.2.2
[9] 比例尺\u 0.2.3纵梁\u 0.6.2工具\u 3.0.0


（我有GTTable 0.1.2安装版

str.gtable <- function(object, ...){
  cat(c("gtable, containing \ngrobs (", 
        length(object[["grobs"]]), "), with names :"), sep="")
  utils::str(names(object[["grobs"]]))
  cat("layout :\n")
  utils::str(object[["layout"]])
  cat("widths :\nunit vector of length", 
      length(object[["widths"]]), "\n")
  cat("heights :\nunit vector of length", 
      length(object[["heights"]]), "\n")
  for(element in c("respect", "rownames", 
                   "name", "gp", "vp")){
    cat(element, ":\n")
    utils::str(object[[element]])
  }
}
library(gridExtra)

g <- tableGrob(head(iris))
str(g)



gtable, containing 
grobs (84), with names : chr [1:84] "" "" "" "" "" "" "" "" "" "" "" "" ...
layout :
'data.frame':   84 obs. of  7 variables:
 $ t   : int  1 2 3 4 5 6 7 1 2 3 ...
 $ l   : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ b   : int  1 2 3 4 5 6 7 1 2 3 ...
 $ r   : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ z   : num  1 2 3 4 5 6 7 0 0 0 ...
 $ clip: chr  "on" "on" "on" "on" ...
 $ name: chr  "rowhead-fg" "rowhead-fg" "rowhead-fg" "rowhead-fg" ...
widths :
unit vector of length 6 
heights :
unit vector of length 7 
respect :
 logi FALSE
rownames :
 NULL
name :
 chr "rowhead-fg"
gp :
 NULL
vp :
 NULL