R向量内存耗尽

我目前正在Macbook Pro上使用RStudio

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.4

使用群集软件包中的agnes（）函数时，我收到错误消息：

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

为了解决这个问题，我遵循了以下问题答案中提到的步骤：

现在运行相同的函数，我收到R会话中止消息。R遇到一个致命错误。会议结束

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还有其他解决办法吗

AGNES至少需要两份距离矩阵副本

现在，如果您有100.000个实例，双精度（8字节），这意味着我们讨论的内存使用量大约为16000000000字节。这是160GB。 不包括输入数据或任何开销。如果幸运的话，R版本的AGNES只存储上三角矩阵，这将减少2。但如果真的这样做了，它可能会在大约64k个对象上产生一个整数溢出

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因此，您可能需要选择与AGNES不同的算法，或者首先减少数据。

当您开始使用可分配的内存时，您就开始使用fire。你没有描述你的数据，但我猜它相当大。是否有必要对数据进行子集划分，以便在较小的集合上执行聚类？（我猜不是。）你有更大的计算机吗？数据集是一个由162424个条目x 3列组成的数据框，是不是相当大？一般来说（在聚类分析之外），甚至不是很接近，但因为我不使用

agnes

我不熟悉它的内部工作，不知道它如何在工作中“爆炸”数据。