R 具有自定义截止值的程序包？

我可以使用一些预先指定的截止值（阈值）用

pROC

包绘制ROC曲线吗？例如，我可以输入控制/病例值和我自己的阈值点，在那里计算相应的敏感性和特异性吗？

请查看

？plot.roc

假设你有：

my.cutoff <- 0.6

这不再是ROC曲线 为了在我的另一个答案中回应你的评论（但不是回答你的问题，这无法像我上面评论的那样回答），我可以给你一种方法来做你似乎想要的事情。请不要在任何情况下将其称为ROC曲线：它不是！根据本练习的目的（您从未解释过），请自己提出一个描述性名称

通过

pROC

，您可以间接地做您似乎想要做的事情：计算所有阈值上的ROC，提取您想要的坐标：并使用梯形函数完成

library(pROC)
data(aSAH)
my.cutoff <- c(0.6, 1, 1.5, 1.8)
roc.obj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
like.coordinates <- coords(roc.obj, c(-Inf, sort(my.cutoff), Inf), input="threshold", ret=c("specificity", "sensitivity"))

并计算

AUC

，例如使用package

caTools

中的

trapz

函数：

library(caTools)
trapz(like.coordinates$specificity, like.coordinates$sensitivity)

---

再一次，您没有绘制ROC曲线，您计算的AUC不是ROC曲线。

非常感谢您的回答。但我想要的不是这个。我不知道pROC如何选择阈值来计算敏感性和特异性。但是，我想在自己指定的阈值下计算它们。例如，roc（病例=我的病例，对照=我的对照，…）；在这里有没有一种方法可以指定我自己的阈值？@Vish我使用了0.6，但是你可以在

my.cutoff

中指定任何你想要的截止值，你也可以传递一个截止值向量。@Vish还有什么我可以帮忙的吗？再次感谢你的关注。但是，我想使用我自己的阈值来生成ROC曲线。例如，roc（病例=mycases，对照=MyControl，阈值=c（0.6,1,1.5,1.8）。然后函数生成ROC曲线和AUC只考虑那些指定的阈值。我想这在pROC软件包中是不可能的。是吗？非常感谢。@Vish你不能生成只有几个阈值的ROC曲线：它不再是ROC了。从你在我的回答中留下的评论来看，你所问的似乎不是ROC曲线。ROC曲线超过所有阈值。如果你限制阈值，你的曲线就不再是ROC了。所以请重新表述你的问题。而且，你为什么要这么做对我来说毫无意义，可能是因为你的问题太具体了。如果你告诉我们更多关于你选择这样做的原因，可能会出现更好的答案。

plot(like.coordinates$specificity, like.coordinates$sensitivity, xlim=c(1, 0), type="l")

library(caTools)
trapz(like.coordinates$specificity, like.coordinates$sensitivity)