R 使用双比例颜色渐变ggplot2

如果有的话，我想一定有一个非常简单的解决办法。我有两个大数据帧，基本上如下所示：

> data1[1,]
      chromosome start    end      test ref position log2      p.value 
13600 Y          10199251 10200750 533  616 10200000 0.2181711 0.00175895   
...

> data2[1,]
      chromosome start    end      test ref position log2       p.value 
4080  Y          10197501 10202500 403  367 10200000 0.04113596 0.3149926   
...

我使用这段代码将两个数据帧绘制到同一个图形中：

p <- ggplot() + geom_point(data=subset(data1, p.value >= glim[1]),
map=aes(x=position, y=log2, colour=p.value))
+ geom_point(data=subset(data2, p.value >= glim[1]), map=aes(x=position,
y=log2, colour=p.value))

p=glim[1]），
地图=aes（x=位置，y=对数2，颜色=p.值））
+几何点（数据=子集（数据2，p.value>=glim[1]），地图=aes（x=位置，
y=对数2，颜色=p.值）

当我绘制单个数据帧时，我对“p.value”列中的值使用了红白颜色渐变。使用此行：

p <- p + scale_colour_gradient(limits=glim, trans='log10', low="red", 
high="white") 

---

p首先，请注意ggplot不鼓励这样做的原因是因为这些图往往难以解释

你可以借助一点技巧获得两个颜色渐变比例。在geom_point中，某些形状（21到25）可以同时具有填充和颜色。您可以利用它创建一个具有“填充”比例的图层和另一个具有“颜色”比例的图层

#虚拟数据
dat1我知道这是一个很长的时间后，但看看

您可以使用函数
new\u color\u scale（）
来启动一个新的颜色比例，该比例适用于其后的所有内容。
Aha，我遇到了相同的问题，只是我没有将比例\u color\u渐变应用于两组点，而是应用于一组点，我希望为叠加的几何图形路径应用另一个比例\u color\u渐变。。。。。两者都有不同的分布，但我仍然希望在同一个图表中看到它们。有什么提示吗？我应该补充一点，我的渐变是使用scale_color定制的_gradientn@ThomasBrowne如果你可以用一个小的可重复的例子作为一个新问题来提问，这里有很多ggplot专家用户会跳进来回答。对不起打扰了，拉姆！你介意帮我回答这个问题吗？在我真正的代码库中集成这种方法时，我还有另一个问题。我可以请你帮忙吗？我什么时候会把它作为一个问题记录下来？非常感谢。更通用的方法是在调用ggplot2之前将数据重新缩放到通用比例。请参见此处的
shp
？在
shape=shp
中，使用
scale\u color\u identity（）
为每个点定义自己的颜色。
p <- p + scale_colour_gradient(limits=glim, trans='log10', low="red", 
high="white") 

p <- p + scale_colour_gradient(limits=glim, trans='log10', low="blue", 
high="white") 

# dummy up data
dat1<-data.frame(log2=rnorm(50), p.value= runif(50))
dat2<-data.frame(log2=rnorm(50), p.value= runif(50))

# geom_point with two scales
p <- ggplot() +
       geom_point(data=dat1, aes(x=p.value, y=log2, color=p.value), shape=21, size=3) +
       scale_color_gradient(low="red", high="gray50") +
       geom_point(data= dat2, aes(x=p.value, y=log2, shape=shp, fill=p.value), shape=21, size=2) +
       scale_fill_gradient(low="gray90", high="blue")
p