如何在带有qsub的HPC上使用本地R安装

我使用的集群不可能全局安装特定的R版本。鉴于我在文件夹上为R构建了特定版本：

<generic_path>/R/R-X.Y.Z

/R/R-X.Y.Z

我在本地安装了一些软件包：

<generic_path/R/packages

选项1:
使用HPC的shell脚本（在我的例子中是qsub脚本），可以通过运行shell脚本（例如在bash中）实现这一点，该脚本包含以下行：

alias R="<path_to_R>/R/R-X.Y.Z/bin/R"
export R_LIBS="<path_to_R>/R/packages"
export PATH="<path_to_R>/R/R-X.Y.Z/bin:${PATH}"

选项2:根据您的HPC系统，您可能有
模块可用性
，
模块加载
命令，如果有，请使用：

myBsubFile.sh

然后在R脚本中加载库，如下所示：

myRcode.R

@zx8754如果您想将此添加到我的答案中，我正在将其转换为社区Wiki，可以留下作为答案，并获得投票，鼓励您回答自己的问题：），无论如何更新您的帖子，将删除我的评论。
source makeenv.sh

#!/bin/bash
# some #BSUB headers...
# ...    

module load /R/R-X.Y.Z
Rscript myRcode.R

library("data.table", lib.loc = "path/to/my/libs")
# some more R code...