R 如何通过字符变量在ddply中指定列名？

我有一个带有

sample_id     condition     state
---------------------------------
sample1       case          val1
sample1       case          val2
sample1       case          val3
sample2       control       val1
sample2       control       val2
sample2       control       val3

数据帧是在for循环中为不同状态生成的。因此，每个数据帧的状态列都有不同的名称

我想按sample_id对数据进行分组，并计算state列的中位数，这样每个唯一的sample_id都有一个中位数。输出应该如下所示

sample_id     condition     state
---------------------------------
sample1       case          median
sample2       control       median

我正在尝试下面的命令；如果给定列的名称，它是有效的，但是我无法通过state字符变量传递名称。我试过ensymstate和！！但他们都在抛出错误

ddply(dat_state, .(sample_id), summarize,  condition=unique(condition), state_exp=median(ensym(state)))

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正如卡米尔在上面所指出的，这在dplyr中更容易实现。基本语法尚未解决您的问题：

my_df %>% 
  group_by(sample_id, condition) %>% 
  summarize(state = median(state))

注意，语法将为每个唯一的示例id条件对提供值。在您的示例中，这不是一个问题，因为每个示例id都有相同的条件，但只是需要注意一些事情

关于你的问题。。。我不太清楚你打算如何把州名传给你的计算。但有几种方法可以解决这个问题。一种是使用dplyr的重命名功能：

x <- "Massachusetts"
my_df %>% 
  rename(state = x) %>% 
  group_by(sample_id, condition) %>% 
  summarize(state = median(state))

可能更合适的方法是使用dplyr的tidyeval语法编写函数：

myfunc <- function(df, state_name) {
  df %>% 
    group_by(sample_id, condition) %>% 
    summarize(state = median({{state_name}}))
}

myfunc(my_df, Massachusetts) # Note: Unquoted state name

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谢谢大家努力回答我的问题。根据你的建议，我找到了解决办法。下面是我试图通过将样本id和条件分组并通过变量传递状态来实现的代码

state_mark <- c("pPCLg2", "STAT1", "STAT5", "AKT")

for(state in state_mark){
    dat_state <- dat_clust_stim[,c("sample_id", "condition", state)]

    # I had to use !!ensym() to convert a character to a symbol.
    dat_med <- group_by(dat_state, sample_id, condition) %>% 
               summarise(med = median(!!ensym(state)))

    dat_med <- ungroup(dat_med)
    x <- dat_med[dat_med$condition == "case", "med"]
    y <- dat_med[dat_med$condition == "control", "med"]
    t_test <- t.test(x$med, y$med)
}

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只是想指出，ddply来自plyr，它已经被弃用了几年了。可以使用dplyr函数实现这一点：只需按前两列分组，并将第三列汇总为中间值。要使用列名作为变量执行类似操作，可以在函数中使用tidyeval。你试着用x这样的东西来做，这能回答你的问题吗@卡米尔·普莱尔并没有遭到反对。它已退役，这意味着我们将继续在CRAN上无限期地维护它，而不添加新功能。@LionelHenry是的，我使用了错误的术语。但是，鼓励人们转向取而代之的软件包是公平的，对吧？是的，完全公平，尤其是对于新的软件包和脚本。我只是想确保人们不会误以为plyr很快就会从CRAN消失。