在for循环中通过系统运行代码时，不会执行命令

这是我第一次用两个变量创建for循环。我有一堆DNA测序样本，我想检查一下。每组数据都有两个需要同时运行的文件

当我只是在R中运行系统（paste（））而不使用for循环变量时，它工作得很好。所以我知道问题在于循环本身。当我运行下面的脚本时，没有出现错误，它运行了，但什么也没发生

我显然把事情搞砸了。我只是不知道接下来该怎么办

for (j in list.files(pattern = "R1_001.trim.paired.fastq.gz")) {
  for (h in list.files(pattern = "R2_001.trim.paired.fastq.gz")) {
    outname=paste(substr(j, start=1, stop=7), sep= "")
    system(paste("docker run -v /path/:/path/ -w /path/ combinelab/salmon salmon quant -i /path/CanFam3.1_index -l A -1 ",j,"-2 ",h,"-o ",outname, ,sep="")
    )
  }
}

---

我能在您提供的代码中立即看到的唯一一件事是缺少一些空格，这可能会导致观察到的行为。您也可以使用

paste0

而不是

paste（…，sep=“”）

，希望下面有帮助：

for (j in list.files(pattern = "R1_001.trim.paired.fastq.gz")) {
  for (h in list.files(pattern = "R2_001.trim.paired.fastq.gz")) {
    outname=substr(j, start=1, stop=7)
    system(paste0("docker run -v /path/:/path/ -w /path/ combinelab/salmon salmon quant -i /path/CanFam3.1_index -l A -1 ",j," -2 ",h," -o ",outname))
  }
}

编辑

在for循环之外获取

字符（0）

作为您的

列表的结果。文件

命令表明您没有将

wd

中的任何文件与您的模式匹配

---

如果您确定文件位于正确的

wd

中，或者您直接在

list.files

命令中设置

wd

（

list.files（path=“.”，pattern=NULL）

，您可以尝试将Sonny和Parfait在上述评论中提到的方法结合起来，运行for循环，将

系统

替换为

打印

，并删除

list.files

命令中的

模式

规范。这将告诉您发送的docker字符串是否正确（尽管也可能打印出不正确的文件，您可以稍后通过可能更新模式进行过滤）.

查看粘贴输出是否正确。如果在终端上运行所有粘贴输出，会发生什么情况。这是否正常？@Sonny您希望我在终端上运行什么？我的意思是在shell提示符下运行Docker命令一件事可能是

sep

之前的额外空间缺失了

参数，带有没有默认的

错误：

，outname，sep=“”）

应该是

，outname，sep=“”）

循环是否正常工作？如果你把

print（c（j，h））

放进去，你会看到正确的文件吗？得到与

paste（…，sep=“”）相同的结果

我确实在运行

print（c（j，h））时遇到了一个错误，并且在打印（c（j，h））时得到了这个
错误：找不到对象“h”`所以可能是h有问题吗？坏符号，
j
看起来如何？单独使用
list.files
时，您是否看到任何问题？这是我运行list.files
函数（path=“”，pattern=NULL，all.files=FALSE，full.names=FALSE，recursive=FALSE，ignore.case=FALSE，include.dirs=FALSE，no..=FALSE）时得到的结果。内部（list.files）（path，pattern，all.files，full.names，recursive，ignore.case，include.dirs，no…）
我也试过运行
j
并返回
NULL
但当我试着只运行
h
时返回
错误：找不到对象“h”
试着运行
list.files（pattern=“R2_001.trim.paired.fastq.gz”）
并使用
getwd（）
检查您的工作目录，我发现我是个白痴。模式功能错误，名称较短。我下载了一个子集数据。我感觉自己像个白痴。此外，要修复上面的系统功能，我只需运行
system（粘贴(“docker run-v/path/：/path/-w/path/combinelab/salmon-salmon-quant-i/path/cange.3.30.19_index-la-1”，j，“-2”，h，“-o”，outname，sep=”“）
我只需要在
的后面加上空格