无法访问GEOquery R中的GSM列表

我正在使用一个包含2个系列矩阵的GSE集，并希望将整个内容转换为一个表达式集，以便在Limma中使用它。我已使用以下命令加载GSE：

> gse <- getGEO('GSE16560', GSEMatrix = T)

---

到目前为止，我检查了gse对象的维度，它是空的，所以这没有帮助。而且，它不是一个列表。当我调用“Meta（gse）”时，它也会抛出相同的错误。一般来说，我对这些数据结构和R比较陌生，因此如果有人能为我指出正确的方向，这将是一个巨大的帮助。

您的“gse”对象是两个表达式集的列表

library(GEOquery)
gse <- getGEO('GSE16560', GSEMatrix = T)

class(gse)
# [1] "list"

length(gse)
# [1] 2

我相信

GSMList

将处理类“GSE”的对象，如果将

getGEO

的“GSEMatrix”参数更改为

FALSE

既然你说你是R和这些数据结构的新手，请查看

？str

。它对于快速了解对象中存储的内容以及如何对数据进行索引（如果出于某种原因需要这样做）非常有用

str（gse[[1]]
#带有7个插槽的正式类“ExpressionSet”[包“Biobase”]
#..@experimentData:Formal类“MIAME”[包“Biobase”]有13个插槽
#   .. .. ..@ 姓名：chr“”
#   .. .. ..@ 实验室：chr“
#   .. .. ..@ 联系人：chr“”
#   .. .. ..@ 标题：chr“
#   .. .. ..@ 摘要：chr“
#   .. .. ..@ url:chr“”
#   .. .. ..@ pubMedIds:chr“”
#   .. .. ..@ 样本：列表（）
#   .. .. ..@ 杂交：列表（）
#   .. .. ..@ normControls:list（）
#   .. .. ..@ 预处理：列表（）
#   .. .. ..@ 其他：名单（）
#   .. .. ..@ .__classVersion\正式类“Versions”[包“Biobase”]带有1个插槽
#   .. .. .. .. ..@ .数据：2人名单
#   .. .. .. .. .. ..$ : int[1:3]100
#   .. .. .. .. .. ..$ : int[1:3]11 0
#..@分析数据：
#..@phenoData:Formal类“AnnotatedDataFrame”[包“Biobase”]带有4个插槽
#   .. .. ..@ varMetadata:'data.frame'：44 obs。第1个变量：
#   .. .. .. ..$ 标签说明：chr[1:44]不。。。
#   .. .. ..@ 数据：'data.frame'：255 obs。在44个变量中：
#……等等
gse[[1]]@experimentData
#实验数据
#实验者姓名：
#实验室：
#联系方式：
#标题：
#网址：
#PMID：
#没有可用的摘要。
#还有一个例子。。。
水头（水平）（gse[[1]]@phenoData@data$geo_（加入））
#[1]“GSM416241”“GSM416242”“GSM416243”“GSM416244”“GSM416245”“GSM416246”

您可能正在关注GEOquery的小插曲

您需要传递“GSEMatrix=F”而不是TRUE

> gse.withmatrix <- getGEO('GSE16560', GSEMatrix = T)
> gse.nomatrix   <- getGEO('GSE16560', GSEMatrix = F)

> class(gse.withmatrix[[1]])
[1] "ExpressionSet"
attr(,"package")
[1] "Biobase"

> class(gse.nomatrix)
[1] "GSE"
attr(,"package")
[1] "GEOquery"

> GSMList(gse.withmatrix)
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘GSMList’ for signature ‘"list"’

> GSMList(gse.nomatrix)
.....

>gse.withmatrix gse.nomatrix类（gse.withmatrix[[1]]
[1] “表达式集”
属性（，“包”）
[1] “生物基”
>类别（gse.nomatrix）
[1] “GSE”
属性（，“包”）
[1] “地理查询”
>GSMList（带矩阵的gse）
（函数（类、fdef、mtable）中出错：
找不到签名“list”的函数“GSMList”的继承方法
>GSMList（gse.nomatrix）
.....

在上询问适用于Bioconductor软件包，如

GEOquery

。请确保包括

sessionInfo（）

的输出，以便列表中的其他人知道您正在使用的版本R和软件包。@MartinMorgan谢谢，这是我以前不知道的一个很好的资源：）

# get the class of the first element in the list
class(gse[[1]])
# [1] "ExpressionSet"
# attr(,"package")
# [1] "Biobase"

str(gse[[1]])
# Formal class 'ExpressionSet' [package "Biobase"] with 7 slots
#   ..@ experimentData   :Formal class 'MIAME' [package "Biobase"] with 13 slots
#   .. .. ..@ name             : chr ""
#   .. .. ..@ lab              : chr ""
#   .. .. ..@ contact          : chr ""
#   .. .. ..@ title            : chr ""
#   .. .. ..@ abstract         : chr ""
#   .. .. ..@ url              : chr ""
#   .. .. ..@ pubMedIds        : chr ""
#   .. .. ..@ samples          : list()
#   .. .. ..@ hybridizations   : list()
#   .. .. ..@ normControls     : list()
#   .. .. ..@ preprocessing    : list()
#   .. .. ..@ other            : list()
#   .. .. ..@ .__classVersion__:Formal class 'Versions' [package "Biobase"] with 1 slots
#   .. .. .. .. ..@ .Data:List of 2
#   .. .. .. .. .. ..$ : int [1:3] 1 0 0
#   .. .. .. .. .. ..$ : int [1:3] 1 1 0
#   ..@ assayData        :<environment: 0x7fb344a81758> 
#   ..@ phenoData        :Formal class 'AnnotatedDataFrame' [package "Biobase"] with 4 slots
#   .. .. ..@ varMetadata      :'data.frame':   44 obs. of  1 variable:
#   .. .. .. ..$ labelDescription: chr [1:44] NA NA NA NA ...
#   .. .. ..@ data             :'data.frame':   255 obs. of  44 variables:
# ....and so on and so forth

gse[[1]]@experimentData
# Experiment data
#   Experimenter name:  
#   Laboratory:  
#   Contact information:  
#   Title:  
#   URL:  
#   PMIDs:  
#   No abstract available.

# and one more example...
head(levels(gse[[1]]@phenoData@data$geo_accession))
# [1] "GSM416241" "GSM416242" "GSM416243" "GSM416244" "GSM416245" "GSM416246"

> gse.withmatrix <- getGEO('GSE16560', GSEMatrix = T)
> gse.nomatrix   <- getGEO('GSE16560', GSEMatrix = F)

> class(gse.withmatrix[[1]])
[1] "ExpressionSet"
attr(,"package")
[1] "Biobase"

> class(gse.nomatrix)
[1] "GSE"
attr(,"package")
[1] "GEOquery"

> GSMList(gse.withmatrix)
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘GSMList’ for signature ‘"list"’

> GSMList(gse.nomatrix)
.....