Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/79.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
使用R基于另一个数据集选择数据_R - Fatal编程技术网

使用R基于另一个数据集选择数据

使用R基于另一个数据集选择数据,r,R,我有一个大型数据集(d1),如下所示: SNP Position Chromosome rs1 10010 1 rs2 10020 1 rs3 10030 1 rs4 10040 1 rs5 10010 2 rs6 10020 2 rs7 10030 2 rs8 10040 2 rs9 10010 3 rs10 10020 3 rs11 10030 3 rs12 10040 3 我还有一个数据集(d2),如下所示: SNP Position

我有一个大型数据集(d1),如下所示:

SNP Position    Chromosome
rs1 10010   1
rs2 10020   1
rs3 10030   1
rs4 10040   1
rs5 10010   2
rs6 10020   2
rs7 10030   2
rs8 10040   2
rs9 10010   3
rs10 10020  3
rs11 10030  3
rs12 10040  3
我还有一个数据集(d2),如下所示:

SNP Position    Chromosome
rsA 10015   1    
rsB 10035   3
现在,我想根据d2(位置+-5和相同的染色体)选择d1中的一系列SNP,并将结果写入txt文件,结果如下:

SNP(d2) SNP(d1) Position(d1)    Chromosome
rsA rs2 10020   1
rsA rs3 10030   1
rsB rs11    10030   3
rsB rs12    10040   3 
我是R的新手,谁能告诉我在R怎么做?非常感谢您的回复。

通过“染色体”列进行合并(就像在该列上连接数据库中的两个表):

d2$low <- d2$Position-5 ; d2$high<- d2$Position+5
mrg按“染色体”列进行合并(如在该列上连接数据库中的两个表):


mrg的人可能会否决你的问题,直到你向我们展示你的尝试,或者至少提供一个可复制的例子(见此处:)人们可能会否决你的问题,直到你向我们展示你的尝试,或者至少提供一个可复制的例子(见此处:)Manji,非常感谢你的回答…Manji,非常感谢你的回复…嗨,德温,这真的帮助了我。。。非常感谢你的帮助…嗨,德温,这真的帮助了我。。。非常感谢你的帮助。。。
d2$matched <- which(d1$Position >=d2$low & d2$high >= d1$Position)
 d1$matched <- apply(d1, 1, function(p) 
                            which(p['Position'] >=d2[,'low'] & 
                                  d2[,'high'] >= p['Position'] & 
                                  p['Chromosome']==d2[,"Chromosome"]) )
 d1        # take a look
 # Then bind matching cases together
 cbind( d1[ which(d1$matched > 0), ], 
        d2[ unlist(d1$matched[which(d1$matched>0)]), ] )
#--------------------
    SNP Position Chromosome matched SNP Position Chromosome   low  high
1   rs1    10010          1       1 rsA    10015          1 10010 10020
2   rs2    10020          1       1 rsA    10015          1 10010 10020
11 rs11    10030          3       2 rsB    10035          3 10030 10040
12 rs12    10040          3       2 rsB    10035          3 10030 10040
mrg <- merge(x = d1, y = d2, by = c("Chromosome"), all.y = TRUE)
result <- mrg[abs(mrg$Position.x - mrg$Position.y) <= 5,]