R 一本书的树脂

在R书的结尾，我想展示用于编译该书的主要R包的版本。我想知道除了在块中使用

sessionInfo（）

，我还有什么可以做得更好的，例如

\section*{Colophon}
This book was produced using \Sexpr{R.version.string}, 
\pkg{knitr} (\Sexpr{packageDescription("knitr")[["Version"]]})
and other package versions listed below.

<<session-info, size='footnotesize',R.options=list(width=90)>>=
print(sessionInfo(), locale = FALSE)
@

\section*{Colophon}
这本书是使用\Sexpr{R.version.string}制作的，
\pkg{knitr}（\Sexpr{packageDescription（“knitr”）[[“Version”]}）
以及下面列出的其他软件包版本。
=
打印（sessionInfo（），locale=FALSE）
@

特别是，

sessionInfo（）

列出了间接加载的所有包以及直接加载的包

```{r}
library(knitr)
p = devtools::loaded_packages()
p$version =   unlist(lapply(p$package, function(x) as.character(packageVersion(x))))
kable(p[order(p$package),], row.names=FALSE)
```

---

如果未安装devtools，请从

加载的\u包中窃取代码

这将给出加载到当前会话中的包的逗号分隔列表：

pkgs <- sort(sub("package:", "", grep("package:", search(), value = TRUE)));
toString(Map(function(p) sprintf("%s (%s)", p, packageVersion(p)), pkgs))

---

这段代码中只使用了核心R函数。

我不想列出当前会话中加载的所有包（基本包、依赖项），因此我根据自己的需要提出了更好的解决方案。也许这对其他人有用

在该书的.Rnw文件中查找通过

library（）

显式加载的所有包

使用

devtools:：：package_info（）

进行格式化

对于（1），我使用了下面的shell命令管道，除了我的trusty

tcgrep

perl脚本之外，所有这些命令都是标准的，它们可以递归地在文件中查找字符串

tcgrep -E Rnw '^library(.*)' . \
     | grep '/ch'  \ 
     | perl -p -e 's/^.*://; s/\s*#.*//' \ 
     | perl -p -e 's/library\(([\w\d]+)\)/"$1"/g; s/;/, /' \
     | sort -u | perl -p -e 's/\n/, /' > packages-used.R

这给了我

packages <- c(
"AER", "ca", "car", "colorspace", "corrplot", "countreg", "directlabels", "effects", "ggparallel", "ggplot2", "ggtern", "gmodels", "gnm", "gpairs", "heplots", "Lahman", "lattice", "lmtest", "logmult", "MASS", "MASS",  "countreg", "mgcv", "nnet", "plyr", "pscl", "RColorBrewer", "reshape2", "rms", "rsm", "sandwich", "splines", "UBbipl", "vcd", "vcdExtra", "VGAM", "xtable")

---

如果您使用的是LaTeX，您可以使用以下方法为所有软件包生成参考书目：

%%begin.rcode ruber，结果='asis'，缓存=FALSE

%写入bib（file=“generated.bib”）

%%end.rcode

---

您可以将其放在\end{document}之后，并添加相应的\书目{mybib，generated}条目。通过这种方式，您也可以使用通常的\cite{}

引用它们，我已经这样做了，但是通过一个latex命令

\pkg{}

，它打印包名并生成一个

\cite{}

命令。但冒号的用途不同——在一个地方指示文本中使用的软件包版本。

packages <- c(
"AER", "ca", "car", "colorspace", "corrplot", "countreg", "directlabels", "effects", "ggparallel", "ggplot2", "ggtern", "gmodels", "gnm", "gpairs", "heplots", "Lahman", "lattice", "lmtest", "logmult", "MASS", "MASS",  "countreg", "mgcv", "nnet", "plyr", "pscl", "RColorBrewer", "reshape2", "rms", "rsm", "sandwich", "splines", "UBbipl", "vcd", "vcdExtra", "VGAM", "xtable")

library(devtools)
pkg_info <- devtools:::package_info(packages)
# clean up unwanted
pkg_info$source <- sub(" \\(R.*\\)", "", pkg_info$source)
pkg_info <- pkg_info[,-2]

pkg_info

> pkg_info
 package      version   date       source 
 AER          1.2-3     2015-02-24 CRAN   
 ca           0.60      2015-03-01 R-Forge
 car          2.0-25    2015-03-03 R-Forge
 colorspace   1.2-6     2015-03-11 CRAN   
 corrplot     0.73      2013-10-15 CRAN   
 countreg     0.1-2     2014-10-17 R-Forge
 directlabels 2013.6.15 2013-07-23 CRAN   
 effects      3.0-4     2015-03-22 R-Forge
 ggparallel   0.1.1     2012-09-09 CRAN   
 ggplot2      1.0.1     2015-03-17 CRAN   
 ggtern       1.0.5.0   2015-04-15 CRAN   
 gmodels      2.15.4.1  2013-09-21 CRAN   
 gnm          1.0-8     2015-04-22 CRAN   
 gpairs       1.2       2014-03-09 CRAN   
 heplots      1.0-15    2015-04-18 CRAN   
 Lahman       3.0-1     2014-09-13 CRAN   
 lattice      0.20-31   2015-03-30 CRAN   
 lmtest       0.9-33    2014-01-23 CRAN   
 logmult      0.6.2     2015-04-22 CRAN   
 MASS         7.3-40    2015-03-21 CRAN   
 mgcv         1.8-6     2015-03-31 CRAN   
 nnet         7.3-9     2015-02-11 CRAN   
 plyr         1.8.2     2015-04-21 CRAN   
 pscl         1.4.9     2015-03-29 CRAN   
 RColorBrewer 1.1-2     2014-12-07 CRAN   
 reshape2     1.4.1     2014-12-06 CRAN   
 rms          4.3-1     2015-05-01 CRAN   
 rsm          2.7-2     2015-05-13 CRAN   
 sandwich     2.3-3     2015-03-26 CRAN   
 UBbipl       3.0.4     2013-10-13 local  
 vcd          1.4-0     2015-04-20 local  
 vcdExtra     0.6-8     2015-04-16 CRAN   
 VGAM         0.9-8     2015-05-11 CRAN   
 xtable       1.7-4     2014-09-12 CRAN