使用igraph/R查找所有最短路径

首先，我对R不是很精通，但我有一个由100个节点组成的网络，我正在对其进行分析。我正在寻找网络中每一对节点之间的所有最短路径（100次计算），诀窍是将它们作为整数返回，路径长度（如果愿意）

#construct a small sample of the graph
g = graph.formula('insert graph') 

#use the function to retrieve shortest paths from a single vertex
get.all.shortest.paths(g, 1, to = V(g))

#output
$res
$res[[1]]
[1] 1

$res[[2]]
[1] 1 2

$res[[3]]
[1] 1 2 3

$res[[4]]
[1] 1 2 3 4

$res[[5]]
[1] 1 2 3 4 5

$res[[6]]
[1]  1 10  9  8  7  6

$res[[7]]
[1] 1 2 3 4 5 6

$res[[8]]
[1]  1 10  9  8  7

$res[[9]]
[1]  1 10  9  8

$res[[10]]
[1]  1 10  9

$res[[11]]
[1]  1 10


$nrgeo
 [1] 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1

虽然这很好，但手动迭代所有100个节点并不实际。有没有一种自动化的方法？问题的第二个部分是，我希望将每条路径作为数字输出，比如路径长度，而不是给定实际路径。我想做的另一件事是计算模式路径长度（或网络中更常见的路径长度）。查看100个数字是不可行的，因此必须实现自动化

---

如果您需要任何帮助，我们将不胜感激，这可能看起来像是一个新手问题，我是一个新手。

如果您只需要长度，您应该使用

path.length.hist

。要获得模式，只需使用

which.max(path.length.hist(g)$res)

---

您可以使用

最短路径

，返回每个节点之间的距离矩阵：

distMatrix <- shortest.paths(g, v=V(g), to=V(g))

而且它非常容易访问：

# e.g. shortest path length between the second node and the fifth
distMatrix[2,5]
>
[1] 3

# or using node names:
distMatrix["ste20", "mth1"]
>
[1] 3

---

极好的这给了我模式，但我将使用原始数据进行额外的分析。当然可以，谢谢。有没有办法对每个节点自动执行此操作？此函数生成一个包含所有节点之间所有距离的矩阵。。。不仅仅是从=1到所有顶点…非常感谢，这确实做到了所需要的。我用它来绘制直方图，它也给了我模式@codeBarer：您应该使用

get.shortest.paths

函数，而不是

shortest.paths

，因为后者提供路径，而不仅仅是距离@digEmAll谢谢，我使用了get.shortest.paths，它返回了路径上遇到的所有顶点的id/索引。这帮了大忙！：）

# e.g. shortest path length between the second node and the fifth
distMatrix[2,5]
>
[1] 3

# or using node names:
distMatrix["ste20", "mth1"]
>
[1] 3