R标记文件在使用Makefile并行化时与图形重叠

我已经创建了一个简单的示例，展示了我目前遇到的问题

我有一个R标记文件，名为example.Rmd，包含以下代码

```{r}
plot(rnorm(10000))
```

以及包含以下内容的Makefile文件

all : example01.html example02.html

example01.html : example.Rmd
    Rscript -e "library(knitr); knit2html(input='example.Rmd', output='example01.html')"

example02.html : example.Rmd
    Rscript -e "library(knitr); knit2html(input='example.Rmd', output='example02.html')"

如果我按顺序运行Makefile文件

make

没问题

如果我并行运行makefile

make -j 2

knit2html函数生成的块重叠，两个html文件包含相同的图像

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有什么建议吗？我一直在寻找解决方案，但什么也没找到。

利用卡尔的想法，我写了一个可能的解决方案

all : example01.html example02.html

example01.html : example.Rmd
    mkdir -p dir_$@ 
    Rscript -e 'library(knitr); opts_knit$$set(base.dir = "dir_$@"); knit2html(input="example.Rmd", output="dir_$@/$@")'
    mv dir_$@/$@ .
    rm -r dir_$@

example02.html : example.Rmd
    mkdir -p dir_$@
    Rscript -e 'library(knitr); opts_knit$$set(base.dir = "dir_$@"); knit2html(input="example.Rmd", output="dir_$@/$@")'
    mv dir_$@/$@ .
    rm -r dir_$@

对于初始代码有两个修改

正如Karl所评论的，我已经包括了线opts_knit$set（base.dir=“dir_example0？.html”），这样就可以在该路径中创建figure文件夹

我已经在Rscript-e命令中交换了“and”符号，如注释所示

并行执行

make -j 2

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工作正常。

将您的Rmd放在它们自己的目录中只有一个Rmd文件，而不是两个。一个R标记文件用于生成两个不同的html文件。将符号链接放在另一个目录的单个文档中Karl，感谢您的回复，但我的问题与目录无关，所有文件都被正确检测到。我的妈妈问题是，当我并行执行knit2html函数时，两个实例都将绘图保存在同一文件夹figures/中，一个实例覆盖了另一个实例，因为它们对figures使用了相同的名称，即“unnamed-chunk-1.png”。如果可能，我需要解决这个特殊问题。如果将Rmd放在单独的目录中，则文件名我不会冲突。您将在每个目录中获得unnamed-chunk-1.png，对吗？