如何将CONDOR的队列号输入到您的CONDOR作业中

我想我有一个简单的问题，因为我在网上上下搜索，找不到其他人问这个问题： 我的大学有一个秃鹰学校。我想对同一代码重复运行几次（例如100次）。我的R代码有一个将结果存储在文件中的例程，即：

write.csv(res, file=paste(paste(paste(format(Sys.time(), '%y%m%d'),'res', queue, sep="_"), sep='/'),'.csv',sep='',collapse=''))

res是我的结果（一个data.frame），我指出这个文件包含带有“res”的结果，最后我想添加这个计算的队列号（否则文件会被替换，不是吗？）。它应该看起来像：140109_res_1.csv，140109_res_2.csv

我向condor提交的文件如下所示：

universe = vanilla
executable = /usr/bin/R 
arguments =  --vanilla 
log =  testR.log
error = testR.err
input = run_condor.r
output = testR$(Process).txt
requirements = (opsys == "LINUX") && (arch == "X86_64") && (HAS_R_2_13 =?= True)
request_memory = 1000
should_transfer_files = YES
transfer_executable = FALSE
when_to_transfer_output = ON_EXIT
queue 3

我想知道如何将“队列”号输入我的R代码？我尝试了一个简单的例子

print(queue)
print(Queue)

但找不到名为queue或queue的对象。有什么建议吗？ 最美好的祝福，

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马可

好的，我解决了这个问题。事情是这样的：

我不得不更改我的提交文件。我将插槽参数更改为：

参数=--vanilla--args$（进程）

现在，进程号被转发到R代码。在这里，您可以使用以下行检索它。该值将存储为字符。因此，您应该将其转换为数值（还要检查像10这样的数字是否作为“1”和“0”传递，在这种情况下，您还应该折叠这些值）

快跑 [1] "0" >班级（跑步） [1] “角色” >try（如.numeric（运行）） [1] 0 >try（运行try（打印（运行）） [1] 0 >尝试（写入（运行，粘贴（运行，'csv'，sep='.'）） 您还可以在此处找到如何将变量/参数传递给代码的信息：

我希望这对任何人都有帮助。 干杯并感谢所有其他评论者！

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Marco

如果是for循环，如何重复代码，然后在名称中添加

i

。我使用的另一个选项是将时间添加到文件名中，这样我就知道哪个是在哪个之前创建的（尽管它在文件的属性中）我得到了不同的文件没有被覆盖。好吧，也许我的想法是错误的。我有一个内部循环和所有内容的计算（不能是子集），我想重复这个计算N次。因此，我想我应该告诉condor在N台机器上执行这个计算（使用

队列N

）.这是错误的方式吗？对不起，我想我误解了这个问题，代码是关于

condor

而不是R的，尽管它运行一个R程序。关于它，我忍不住也对从另一种语言到R的输入感兴趣…啊，是的，对不起。我更改了问题的标题，让它更明显。无论如何，谢谢。我对condor eit没有任何想法但将参数传递到R脚本通常很简单。也许这有助于：

> run <- commandArgs(TRUE)
> run
[1] "0"
> class(run)
[1] "character"
> try(as.numeric(run))
[1] 0
> try(run <- as.numeric(paste(run, collapse='')) )
> try(print(run))
[1] 0
> try(write(run, paste(run,'csv', sep='.')))