R 如何计算一个字符在字符串中出现的次数？

我有一个DNA序列作为我的论点

sequence<-c("ATGAATTTTGATTTA")

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请帮我解决这个问题。

只要你的密码子没有移位或缺口就行

sequence<-c("ATGAATTTTGATTTAATG")

#split into 3-character codons
splitseq<-substring(sequence, seq(1, nchar(sequence)-1, 3), seq(3, nchar(sequence), 3))

[1] "ATG" "AAT" "TTT" "GAT" "TTA" "ATG"

#table them to get the frequency
x<-as.data.frame(table(splitseq))

#match up codon translation
x$codon<-codon[match(x$splitseq, names(codon))]

#get percentage
x$percentage<-x$Freq / sum(x$Freq)

x
splitseq Freq codon percentage
1      AAT    1     N  0.1666667
2      ATG    2     M  0.3333333
3      GAT    1     D  0.1666667
4      TTA    1     L  0.1666667
5      TTT    1     F  0.1666667

---

sequences对于没有生物背景的用户来说，你的问题是不可能理解的：密码子是什么？它与氨基酸的关系如何？让你的问题更简单。当CTC不在给定序列中时，你是如何得到它的计数的？你在哪里计算“ATG”的？DNA翻译成氨基酸，形成蛋白质，这是每个生物过程的功能关键。三组dna序列被称为密码子，例如ATG、TTT，它们编码特定的氨基酸，如M（蛋氨酸）。我已经给出了一个列表，其中包括编码氨基酸的密码子列表。另外，CTC计数19666是催眠的，只是想让你知道@PoGibasI我想检查所有64个密码子的频率，而不仅仅是单个ATG@onyanbuw你在哪里检查它们？这是一个很好的开始，但我认为他的DNA序列并不是那么简单，因为我们在一开始并不总是有ATG。我们可能应该做的是运行
start Good point，需要OP提供更多关于序列本身的信息，如果它们已经过预筛选，等等。我还发现：
codon   count   amino_acids  percentage
CTC     19666       L           0.18
CTT     27340       L           0.13
CTA     31534       L           0.20
CTG     76644       L           0.49

sequence<-c("ATGAATTTTGATTTAATG")

#split into 3-character codons
splitseq<-substring(sequence, seq(1, nchar(sequence)-1, 3), seq(3, nchar(sequence), 3))

[1] "ATG" "AAT" "TTT" "GAT" "TTA" "ATG"

#table them to get the frequency
x<-as.data.frame(table(splitseq))

#match up codon translation
x$codon<-codon[match(x$splitseq, names(codon))]

#get percentage
x$percentage<-x$Freq / sum(x$Freq)

x
splitseq Freq codon percentage
1      AAT    1     N  0.1666667
2      ATG    2     M  0.3333333
3      GAT    1     D  0.1666667
4      TTA    1     L  0.1666667
5      TTT    1     F  0.1666667