igraph：解析紧密重叠节点

我有一个有几百个节点和边的图。断开连接的子图可以很好地分离和解析，但是子图中的节点重叠并且解析不好。我尝试过几种布局算法，也尝试过在布局算法中更改相关参数（例如：iter、kkconst、start.temp等）。但是，我仍然无法分散紧密聚集的节点。见下图

我希望找到一些参数来控制吸引/排斥/重力等，但似乎没有。这篇文章中的答案和数据似乎确实解决了这个问题。奇怪的是，新版本的igraph中有几个看似有用的参数（coolexp、maxdelta、area、Excellerad等）被弃用

有没有人知道一种方法，可以使子图保持良好的分离，同时将紧密的节点充分展开，使它们不会重叠

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我设法使用package

qgraph

使它工作起来

以下是一个工作示例：

library(igraph)
library(qgraph)

g <- barabasi.game(355, directed=FALSE)

png("plot1.png", height=6, width=12, units="in", res=250)
par(mfrow=c(1, 3))

plot(g,layout=layout_with_fr,vertex.size=4,vertex.label=NA)
mtext("layout_with_fr", side=1)

e <- get.edgelist(g)
l <- qgraph.layout.fruchtermanreingold(e,vcount=vcount(g))
plot(g,layout=l,vertex.size=4,vertex.label=NA)
mtext("qgraph.layout.fruchtermanreingold default", side=1)

l <- qgraph.layout.fruchtermanreingold(e,vcount=vcount(g),
      area=8*(vcount(g)^2),repulse.rad=(vcount(g)^3.1))
plot(g,layout=l,vertex.size=4,vertex.label=NA)
mtext("qgraph.layout.fruchtermanreingold modified", side=1)

dev.off()

库（igraph）
图书馆（qgraph）
g@mf在你的代码中是“e@fmassica”，这对我来说很有效，但是
False
产生了一个错误。正确的语法是
F
或
FALSE
。对我来说，它在不使用@fmassica的
names=FALSE
时开始崩溃。没有争论，它首先给了我一个字符矩阵。当我手动将字符转换为数字时，它在绘图阶段崩溃了。很高兴看到评论：-）