R 将GENCODE ID转换为Ensembl-范围摘要实验

我有一个表达式集矩阵，行名是我认为的GENCODE ID，例如 “ENSG0000000003.14” “ENSG0000000457.13” “ENSG0000000005.5”等。 我想把它们转换成gene_符号，但我不确定最好的方法是什么，特别是因为我认为是“.14”或“.13”的版本。我是否应该首先修剪点后的所有ID，然后使用biomaRt进行转换？如果是，最有效的方法是什么？有没有更好的方法来获取基因符号

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非常感谢您的帮助

如前所述，这些是ENSEMBL ID。首先，您需要检查表达式集对象，并确定它用于注释的数据库。有时，ID可能映射到更新的注释数据库中的不同基因符号

无论如何，如果ID属于人类，您可以使用此代码非常轻松地获取基因符号

library(org.Hs.eg.db)       ## Annotation DB
library(AnnotationDbi)

ids <- c("ENSG00000000003", "ENSG00000000457","ENSG00000000005")
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db,keys = ids,columns = "SYMBOL",keytype = "ENSEMBL")

library（org.Hs.eg.db）##注释数据库
库（注释DBI）
ids谢谢你的帮助。我的问题是要去掉每个ensembl基因id末尾的.XX版本。我认为从一个有版本号（gencode基本注释）的ensembl基因id到一个基因符号会有一个更直接的方法。最后，我做了以下工作，似乎正在工作：

df$ensembl_gene_id <- gsub('\\..+$', '', df$ensembl_gene_id)

library(biomaRt)
mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl"))
genes <- df$ensembl_gene_id
symbol <- getBM(filters = "ensembl_gene_id",
                attributes = c("ensembl_gene_id","hgnc_symbol"),
                values = genes, 
                mart = mart)
df <- merge(x = symbol, 
              y = df, 
              by.x="ensembl_gene_id",
              by.y="ensembl_gene_id")

df$ensembl\u gene\u id也许，这就是你想要的：。也许，如果你把它贴在这里，你会得到更多的帮助：这些是ensembl ID，biomart可能是你最好的选择。这是前面的一个问题，您只需要相应地更改
属性
。biomart教程非常有用\感谢您的回复。我尝试了biomaRt，但由于Ensembl基因ID末尾的“点号”（例如“ENSG0000000003**.14**），它无法将其识别为Ensembl基因ID