R 将具有行名称的cbind绑定到多个文件

我想在文件列表中使用

cbind

。然而，每个文件在一个特定的染色体（chr）

（1:29中的k）

，和特定的样本

（1:777中的i）

。这些文件如下所示：

sample1chr1.txt，sample1chr2.txt。。。sample1chr29.txt，sample2chr1.txt。。。sample777chr29.txt

所有文件都有完全相同的行名称（前3列表示我的行名称）。我希望每个chr都有一个最终文件合并到所有示例文件中，并且不要重复最终文件中的行名称（前3列表示我的行名称）

我试过这个：

#Creating file with row names (3 first columns) to each Chr 
{
{for(k in 1:29){
  infile <- paste0("sample1chr",k,".txt")
  outfile <- paste0("LRRrawallchr",k,".txt")
  rows <- read.table(infile, header=TRUE, sep="\t")
  rows <- rows[, -grep("Log.R.Ratio", colnames(rows))]
  write.table(rows, outfile, sep=";")}}

#Cbind in one file per Chr
{  for(i in 1:777)
  for(k in 1:29){
    base <- paste0("LRRrawallchr",k,".txt")
    chr <- read.table(base, header=TRUE, sep=";")
    infile <- paste0("sample",i,"chr",k,".txt")
    chr2 <- read.table(infile, header=TRUE, sep="\t")
    outfile <- paste0("LRRrawallchr",k,".txt")
    chr2 <- chr2[, -grep("Name", colnames(chr2))]
    chr2 <- chr2[, -grep("Chr", colnames(chr2))]
    chr2 <- chr2[, -grep("Position", colnames(chr2))]
    chr <- cbind(chr, chr2)
    write.table(chr, outfile, sep=";", row.names=FALSE, col.names=FALSE)}
}

输入示例（sample2chr1.txt）：

预期输出（LR1）：

我有22553个不同的.txt文件（777个样本中的每个样本有29个文件（每个chr一个）。所有22553个文件（sample1chr1.txt、sample1chr2.txt…sample1chr29.txt、sample2chr1.txt…sample777chr29.txt）与上述示例类似

我想要29个文件，比如（LRRrawallchr1），每个Chr一个。“LRRrawallchr，k”文件必须与777+3（800个collumns）一起使用。每个示例包含3个行名称和一个列

---

干杯

您希望

合并这些集合，而不是
cbind
它们<代码>合并

将根据常用或指定的列名合并行。将前两个数据帧读入数据帧后，此命令生成合并。当您在代码中按这些名称进行筛选时，我提供了要合并的公共列名（使用

by

）

> merge(sample1chr1, sample1chr2, by=c('Name', 'Chr', 'Position'))
       Name Chr Position sample1value sample2value
1 BAC-11034   1      128        0.302         0.25
2 BAC-11044   1      129       -0.560         0.41
3 BAC-11057   1      134        0.084        -0.14

---

然后继续在以下集合中合并。

如果所有文件的行顺序始终相同，并且只有最后一列的值更改，则您可以

cbind（）

仅更改每个文件的最后一列，其中（从k=2开始）：

infle试试：

a请通过包含显示问题的示例数据，使其成为一个可重复的示例。把数据包括在问题本身中就足够了吗？非常感谢。我不能合并。所有数据都太大了。我正在尝试某种方法，每次绑定一个样本。找到样本1，然后写，cbind-sample2，然后写，cbind-sample3，然后写。。。。最终将所有样本分别传递到每个Chr…我的问题是，我的最终结果只有一个“样本，i，值”。我想知道是否有可能写我的输出，并再次阅读777次（每个样本一次）。最终生成一个包含所有collumns（3+777）的文件。你的程序只是让我省去了
grep
步骤。我错了？不，你是对的，这就是为什么我把PS放在最后。然后我建议您首先将它们放在一个长数据集中（使用
rbind
），然后从包
restrape2
中查看
dcast（）
。
Name       Chr  Position      sample2value
BAC-11034   1   128            0.25
BAC-11044   1   129            0.41
BAC-11057   1   134           -0.14

Name       Chr  Position    sample1value   sample2value
BAC-11034   1   128         0.302          0.25
BAC-11044   1   129         -0.56          0.41
BAC-11057   1   134         0.0840         -0.14

> merge(sample1chr1, sample1chr2, by=c('Name', 'Chr', 'Position'))
       Name Chr Position sample1value sample2value
1 BAC-11034   1      128        0.302         0.25
2 BAC-11044   1      129       -0.560         0.41
3 BAC-11057   1      134        0.084        -0.14

infile <- cbind(infile, chr[, 4])

a <- NULL
for(k in 1:29)
{
a <- read.table(paste0("sample1chr", k, ".txt"), header=TRUE, sep="\t")
for(i in 2:777)
{
infile <- read.table(paste0("sample", i, "chr", k, ".txt"), header=TRUE, sep="\t")

a <- merge(a, infile, by = c('Name', 'Chr', 'Position'))
}
write.table(a, paste0("LRRrawallchr", k, ".csv"), append = FALSE, sep = ",", row.names = F)
}