改变iGraph中图顶点的X和Y坐标

我正在使用

igraph

包来绘制我在yEd中创建的图形。这是一个应该覆盖在地理地图上的图形，所以我想做的第一件事就是改变顶点坐标，使它们与它们所代表的经度/纬度相匹配。（简单线性变换）

我尝试使用GraphML格式，但iGraph无法读取由yEd创建的GraphML文件，因此，我将该图形保存为GML文件。顶点信息的结构如下所示：

node [
    id  0
    label   ""
    graphics [
        x   2181.0043222386603
        y   1463.6747524664843
        w   5.2609883750396875
        h   5.1510372122625085
        type    "ellipse"
        raisedBorder    0
        fill    "#FFCC00"
        outline "#000000"
    ]
]

library(igraph)

g <- read_graph("graph.gml", format="gml") #create graph object

z <- readLines("graph.gml") #create character vector from which to grep out attributes

id <- trimws(gsub("\t\tid\t", " ", z[grep("\t\tid\t", z)])) #retrive node ids 
totid <- length(id) #retrieve number of nodes

#grep for and extract x and y attributes
xcor <- as.numeric(trimws(gsub("\t\t\tx\t", " ", z[grep("\t\t\tx\t", z)])))[1:totid]    
ycor <- as.numeric(trimws(gsub("\t\t\ty\t", " ", z[grep("\t\t\ty\t", z)])))[1:totid]

#edges will also have x and y coordinates, so we need to index by the number of nodes

#add attributes back into graph object
g <- set.vertex.attribute(g, "x", value=xcor) 
g <- set.vertex.attribute(g, "y", value=ycor)

如您所见，坐标保存在

graphics

属性中。这是有效的GML语法（至少是AFAIK）。但是，

load\u graph

无法正确处理此属性，并且iGraph不会保存坐标。当我尝试提取顶点属性时，我得到以下结果：

> vertex_attr(g) %>% glimpse()
# List of 3
#  $ id      : num [1:73] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
#  $ label   : chr [1:73] "" "" "" "" ...
#  $ graphics: chr [1:73] "qÑÜ\020#8" "qÑÜ\020#8" "qÑÜ\020#8" "qÑÜ\020#8" ...

---

如何正确加载图形，包括x和y坐标？

从

igraph

中，它指出其读取

GML

能力的限制之一是

仅使用节点和边属性，并且仅当它们具有简单的 类型：整数、实数或字符串。因此，如果属性是数组或 记录，则忽略它。如果只有 属性是复杂的

这可能就是为什么它在

图形

属性上遇到问题的原因

igraph

也应该能够读取

graphml

格式，但可能会遇到同样的障碍

幸运的是，如果您需要一种变通方法，

GML

是一种人类可读的格式，比较容易解析。例如，如果只需要节点的

x

和

y

坐标，可以执行以下操作：

node [
    id  0
    label   ""
    graphics [
        x   2181.0043222386603
        y   1463.6747524664843
        w   5.2609883750396875
        h   5.1510372122625085
        type    "ellipse"
        raisedBorder    0
        fill    "#FFCC00"
        outline "#000000"
    ]
]

library(igraph)

g <- read_graph("graph.gml", format="gml") #create graph object

z <- readLines("graph.gml") #create character vector from which to grep out attributes

id <- trimws(gsub("\t\tid\t", " ", z[grep("\t\tid\t", z)])) #retrive node ids 
totid <- length(id) #retrieve number of nodes

#grep for and extract x and y attributes
xcor <- as.numeric(trimws(gsub("\t\t\tx\t", " ", z[grep("\t\t\tx\t", z)])))[1:totid]    
ycor <- as.numeric(trimws(gsub("\t\t\ty\t", " ", z[grep("\t\t\ty\t", z)])))[1:totid]

#edges will also have x and y coordinates, so we need to index by the number of nodes

#add attributes back into graph object
g <- set.vertex.attribute(g, "x", value=xcor) 
g <- set.vertex.attribute(g, "y", value=ycor)

库（igraph）
g感谢提供文档链接。似乎编写自己的解析器将是这里唯一的解决方案。如果我要这样做，我将为GraphML文件编写一个解析器，因为它们基于XML结构。