使用GEOquery检索文件的注释

我想使用GEOquery检索文件的注释。我阅读的一种方法是使用fData（），因此：

有什么建议吗？

编辑：如果您想要“注释文件名”（大概是GPL平台），正确的方法是

annotation（）

错误告诉您问题：

geoFile

是一个列表，

fData

需要其他类型的对象<代码>？fData将告诉您它的期望值

如果键入

名称（geoFile）

，您可能会看到：

[1] "GSE99511_series_matrix.txt.gz"

如果键入

str（geoFile）

或更好，安装并加载

dplyr

，然后

scape（geoFile）

，您将看到对象的结构

所有这些都告诉您需要将列表的第一个元素

geoFile

提供给

fData

：

head(fData(geoFile$GSE99511_series_matrix.txt.gz))

---

您需要使用

head（）

或

scape（）

，否则将有数千行打印到终端。

来自@ChiPak的注释中的链接用于

fda.usc

包中的

fdata

；与

GEOquery

包中的

fData

无关。我明白了…感谢您的澄清…我将删除我的原始注释。我尝试了head（fData（）），但没有给出注释文件名。如果在命令行中键入geoFile（或geoFile$GSE99511_series_matrix.txt.gz），您将在末尾看到“Annotation”。那一行是我想要检索的。好的，然后使用

注释（g$GSE1001\u series\u matrix.txt.gz）

。您的问题是关于使用

fData

时出错。

[1] "GSE99511_series_matrix.txt.gz"

head(fData(geoFile$GSE99511_series_matrix.txt.gz))