R 如何修复比例\颜色\手册？这已经不能正常工作了

我目前正在ggplot2中努力使用scale_color_手册，尽管这从来都不是问题。我一直收到错误信息：“错误：手动缩放中的值不足。需要9，但只提供0。”然而，我已经清楚地提供了足够的颜色，所以它似乎没有注册。 有人知道发生了什么/我如何解决这个问题吗

我的ggplot2软件包版本是：3.3.3。 Phyloseq版本为1.30.0

library(phyloseq)
library(ggplot2)

data("GlobalPatterns")
GP <- prune_species(speciesSums(GlobalPatterns) > 0, GlobalPatterns)

#this usually works to assign colors below
cohortcol<- c("#70AD47","orange", "blue", "green","red",
  "yellow","purple","black","grey")

a<-plot_richness(GP, x="SampleType", color="SampleType",
  measures=c("Chao1", "Shannon")) +
  scale_color_manual(values=alpha(cohortcol, 0.7)) +
  theme(axis.title.x=element_blank(), 
    axis.text.x=element_blank(),
    legend.position="none", axis.title.y = element_blank())
print(a)

库（phyloseq）
图书馆（GG2）
数据（“全局模式”）
GP 0，全局模式）
#这通常用于指定下面的颜色
coortcol您需要为
coortcol
提供名称，以便
ggplot2
知道哪个颜色与数据中的哪些值匹配

如果这样做，代码应该可以正常工作

cohortcolI无法重现该问题。除了在phyloseq 1.32.0中为不推荐使用的函数返回警告外，它运行时没有错误，颜色符合预期。是的，这就是我的问题！多年来，它一直工作顺利，现在却没有-你有什么想法可以尝试修复它吗？我想更新phyloseq可能会奏效，但考虑到不推荐使用的函数，你可能也必须更新脚本。