R “错误”；“非数字”；使用带有EnhancedVolcano的串扰包时

我想在两个方向上实现表和绘图之间的串扰功能：

选择表中将反映在绘图中的行

在绘图中选择一个点，该点将反映在表格中。和我的想法一样

我已经成功地实现了一个脚本，如果我使用

ggplot（）

和table（两个对象都有串扰！）制作散点图，那么这个脚本的效果会非常好。但是，当使用

EnhancedVolcano（）

和表I时，出现以下错误：

Error in EnhancedVolcano(toptable = data_shared, lab = "disp", x = "qsec",  : 
  qsec is not numeric! 

Error in as.data.frame.default(toptable) : 
  cannot coerce class ‘c("SharedData", "R6")’ to a data.frame

如果我用

df\u orig

替换

data\u shared

变量，则不会产生错误，但对象之间不会发生交叉对话：（

这是否意味着

SharedData$new（）

无法将数值识别为数值？如何修复此错误

非常感谢您的帮助。 多谢各位

玩具示例：

  library(plotly)            # '4.9.1'
  library(DT)                # '0.11'
  library(crosstalk)         # ‘1.0.0’
  library(EnhancedVolcano)   # ‘1.4.0’
  # Input
  data1 = mtcars  #dim(data1)  # 32  11
  data_shared = SharedData$new(data1) #, key = c("qsec", "hp"))
  # df_orig = data_shared$origData()
  # V-Plot
  vp =EnhancedVolcano( toptable = data_shared,
                       lab  = 'disp',
                       x  =  'qsec',
                       y  =  'hp',
                       xlab  ='testX',
                       ylab = 'testY') 
  bscols(
    ggplotly(vp + aes(x= qsec, y= -log10(hp/1000))),
    datatable(data_shared, style="bootstrap", class="compact", width="100%",
              options=list(deferRender=FALSE, dom='t')))

相同的脚本，可用于

ggplot（）

：

---

注意：相关（相同）问题是，软件包作者发布了一个答案，经作者许可，在此处复制一个答案：

---

嗨

谢谢-这是非常有用的代码，最终我可能会将其添加到主程序包vignette中

我在我的电脑上试过了，我可以在我的浏览器中使用它，但原始绘图的某些部分似乎丢失了。我想你只需要将列“qsec”转换为数值

再次使用我的示例，这里是一个完全可复制的示例：

  library("pasilla")
  pasCts <- system.file("extdata", "pasilla_gene_counts.tsv",
    package="pasilla", mustWork=TRUE)
  pasAnno <- system.file("extdata", "pasilla_sample_annotation.csv",
    package="pasilla", mustWork=TRUE)
  cts <- as.matrix(read.csv(pasCts,sep="\t",row.names="gene_id"))
  coldata <- read.csv(pasAnno, row.names=1)
  coldata <- coldata[,c("condition","type")]
  rownames(coldata) <- sub("fb", "", rownames(coldata))
  cts <- cts[, rownames(coldata)]
  library("DESeq2")
  dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = cts,
    colData = coldata,
    design = ~ condition)

  featureData <- data.frame(gene=rownames(cts))
  mcols(dds) <- DataFrame(mcols(dds), featureData)
  dds <- DESeq(dds)
  res <- results(dds)

  library(EnhancedVolcano)
  p1 <- EnhancedVolcano(res,
    lab = rownames(res),
    x = "log2FoldChange",
    y = "pvalue",
    pCutoff = 10e-4,
    FCcutoff = 2,
    xlim = c(-5.5, 5.5),
    ylim = c(0, -log10(10e-12)),
    pointSize = c(ifelse(res$log2FoldChange>2, 8, 1)),
    labSize = 4.0,
    shape = c(6, 6, 19, 16),
    title = "DESeq2 results",
    subtitle = "Differential expression",
    caption = "FC cutoff, 1.333; p-value cutoff, 10e-4",
    legendPosition = "right",
    legendLabSize = 14,
    col = c("grey30", "forestgreen", "royalblue", "red2"),
    colAlpha = 0.9,
    drawConnectors = TRUE,
    hline = c(10e-8),
    widthConnectors = 0.5)

  p1 <- p1 +
    ggplot2::coord_cartesian(xlim=c(-6, 6)) +
    ggplot2::scale_x_continuous(
      breaks=seq(-6,6, 1))

  library(plotly)
  library(DT)
  library(crosstalk)  

  bscols(
    ggplotly(p1 + aes(x= log2FoldChange, y= -log10(pvalue))),
      datatable(
        data.frame(res),
        style="bootstrap",
        class="compact", width="100%",
        options=list(deferRender=FALSE, dom='t')))

当我尝试添加这些时，它会抛出一个错误

---

Kevin

注意：相关（相同）问题是，软件包作者发布了答案，经作者许可，在此处复制答案：

---

嗨

谢谢-这是非常有用的代码，最终我可能会将其添加到主程序包vignette中

我在我的电脑上试过了，我可以在我的浏览器中使用它，但原始绘图的某些部分似乎丢失了。我想你只需要将列“qsec”转换为数值

再次使用我的示例，这里是一个完全可复制的示例：

  library("pasilla")
  pasCts <- system.file("extdata", "pasilla_gene_counts.tsv",
    package="pasilla", mustWork=TRUE)
  pasAnno <- system.file("extdata", "pasilla_sample_annotation.csv",
    package="pasilla", mustWork=TRUE)
  cts <- as.matrix(read.csv(pasCts,sep="\t",row.names="gene_id"))
  coldata <- read.csv(pasAnno, row.names=1)
  coldata <- coldata[,c("condition","type")]
  rownames(coldata) <- sub("fb", "", rownames(coldata))
  cts <- cts[, rownames(coldata)]
  library("DESeq2")
  dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = cts,
    colData = coldata,
    design = ~ condition)

  featureData <- data.frame(gene=rownames(cts))
  mcols(dds) <- DataFrame(mcols(dds), featureData)
  dds <- DESeq(dds)
  res <- results(dds)

  library(EnhancedVolcano)
  p1 <- EnhancedVolcano(res,
    lab = rownames(res),
    x = "log2FoldChange",
    y = "pvalue",
    pCutoff = 10e-4,
    FCcutoff = 2,
    xlim = c(-5.5, 5.5),
    ylim = c(0, -log10(10e-12)),
    pointSize = c(ifelse(res$log2FoldChange>2, 8, 1)),
    labSize = 4.0,
    shape = c(6, 6, 19, 16),
    title = "DESeq2 results",
    subtitle = "Differential expression",
    caption = "FC cutoff, 1.333; p-value cutoff, 10e-4",
    legendPosition = "right",
    legendLabSize = 14,
    col = c("grey30", "forestgreen", "royalblue", "red2"),
    colAlpha = 0.9,
    drawConnectors = TRUE,
    hline = c(10e-8),
    widthConnectors = 0.5)

  p1 <- p1 +
    ggplot2::coord_cartesian(xlim=c(-6, 6)) +
    ggplot2::scale_x_continuous(
      breaks=seq(-6,6, 1))

  library(plotly)
  library(DT)
  library(crosstalk)  

  bscols(
    ggplotly(p1 + aes(x= log2FoldChange, y= -log10(pvalue))),
      datatable(
        data.frame(res),
        style="bootstrap",
        class="compact", width="100%",
        options=list(deferRender=FALSE, dom='t')))

当我尝试添加这些时，它会抛出一个错误

---

Kevin试图修改火山函数中的一些内容，但出现以下错误：

Error in EnhancedVolcano(toptable = data_shared, lab = "disp", x = "qsec",  : 
  qsec is not numeric! 

Error in as.data.frame.default(toptable) : 
  cannot coerce class ‘c("SharedData", "R6")’ to a data.frame

---

还不确定如何修复。

尝试修改火山函数中的一些内容，但出现以下错误：

Error in EnhancedVolcano(toptable = data_shared, lab = "disp", x = "qsec",  : 
  qsec is not numeric! 

Error in as.data.frame.default(toptable) : 
  cannot coerce class ‘c("SharedData", "R6")’ to a data.frame

---

还不确定如何修复它。

嘿，我担心EnhancedVolcano是许多ggplot2函数的大包装，不支持串扰…要么你破解EnhancedVolcano函数，要么你用ggplot2编写火山图…哦，不！真是糟糕！！！嘿，我担心EnhancedVolcano是许多ggplot2函数的大包装d不支持串扰…要么你破解了EnhancedVolcano函数，要么你用ggplot2写火山图…哦，不！真糟糕！！！