R data.frame错误，使用来自乳腺癌cBioPortal的数据集的do.call（cbind，g）

我是R的新手，一直在尝试实施代码设置，以分析基因表达和基因突变状态，预测乳腺癌患者的预后

原始代码发表在《急性髓系白血病数据集自然》上，可从以下网站下载：

以下是补充数据4代码

我无法复制他们的数据，因为data.frame中存在代码错误

我可以使用以下代码从cBioportal加载所有数据：

mycgds <-  CGDS("http://www.cbioportal.org/public-portal/")
brca_tcga <- getCancerStudies(mycgds)[15,1] ## 15 for BRCA
cases <- getCaseLists(mycgds,brca_tcga)[8,1]  ## 8 for RNA expression z scores
g <-  lapply(split(as.numeric(entrez), seq_along(entrez)%/%500), function(genes) getProfileData(mycgds,genes,getGeneticProfiles(mycgds,brca_tcga)[2,1],cases)) ## loads my sample information into a data.frame "g"

g <- do.call("cbind", g)

小示例，但我无法完成代码的下一步

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感谢你们提供的任何帮助或教育

你的代码中引用了什么载体entrez？嗨，山姆，载体entrez用于切换从微阵列中识别的名称或基因及其entrez基因id，以便它们可以很容易地被识别并链接到代码后面的基因突变数据：这是entrez代码entrez你检查过加载的数据是否正确吗？在每次加载和子集后尝试运行head，以确保所有数据正确。Hi@Molx我在制作data.frame后运行head G，得到以下结果：TCGA.C8.A1HM.01 0.6361 1.0200-0.60110.7024 0.8667 0.7231 NA TCGA.C8.A1HN.01 0.3320 0.0669-0.3567 0.5700 3.3222 0.2932 NA TCGA.E2.A14N.01 1.5758-1.29240.3895 2.6431-0.9575-0.8534 NA此数据似乎是正确的。@CougRae内联读取数据并不容易，但它似乎与您在问题中发布的内容不同，因为它有数字而不是所有NAs。

> g <- do.call("cbind", g)
Error in data.frame(..., check.names = FALSE) : 
  arguments imply differing number of rows: 173, 0

     WDR38 WDR63 WDR86 ZBED9 ZCWPW2 ZNF283 ZNF300P1 ZNF418 ZNF600
TCGA.AB.2803.03    NA    NA    NA    NA     NA     NA       NA     NA     NA
TCGA.AB.2805.03    NA    NA    NA    NA     NA     NA       NA     NA     NA
TCGA.AB.2806.03    NA    NA    NA    NA     NA     NA       NA     NA     NA
TCGA.AB.2807.03    NA    NA    NA    NA     NA     NA       NA     NA     NA
TCGA.AB.2808.03    NA    NA    NA    NA     NA     NA       NA     NA     NA