R 将连续整数运行折叠为范围字符串
我在一个列表中有一些数据，我需要寻找连续运行的整数（我的大脑思考R 将连续整数运行折叠为范围字符串,r,design-patterns,range,R,Design Patterns,Range,我在一个列表中有一些数据，我需要寻找连续运行的整数（我的大脑思考rle，但不知道如何在这里使用它） 查看数据集和解释我的目标更容易 这是数据视图： $greg [1] 7 8 9 10 11 20 21 22 23 24 30 31 32 33 49 $researcher [1] 42 43 44 45 46 47 48 $sally [1] 25 26 27 28 29 37 38 39 40 41 $sam [1] 1 2 3 4 5 6 16 17 18 1
rle$greg
[1] 7 8 9 10 11 20 21 22 23 24 30 31 32 33 49
$researcher
[1] 42 43 44 45 46 47 48
$sally
[1] 25 26 27 28 29 37 38 39 40 41
$sam
[1] 1 2 3 4 5 6 16 17 18 19 34 35 36
$teacher
[1] 12 13 14 15
$greg
[1] 7:11, 20:24, 30:33, 49
$researcher
[1] 42:48
$sally
[1] 25:29, 37:41
$sam
[1] 1:6, 16:19 34:36
$teacher
[1] 12:15
z <- structure(list(greg = c(7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 20L, 21L, 22L,
23L, 24L, 30L, 31L, 32L, 33L, 49L), researcher = 42:48, sally = c(25L,
26L, 27L, 28L, 29L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L), sam = c(1L, 2L,
3L, 4L, 5L, 6L, 16L, 17L, 18L, 19L, 34L, 35L, 36L), teacher = 12:15), .Names = c("greg",
"researcher", "sally", "sam", "teacher"))
$greg
[1] 7 8 9 10 11 20 21 22 23 24 30 31 32 33 49
$researcher
[1] 42 43 44 45 46 47 48
$sally
[1] 25 26 27 28 29 37 38 39 40 41
$sam
[1] 1 2 3 4 5 6 16 17 18 19 34 35 36
$teacher
[1] 12 13 14 15
$greg
[1] 7:11, 20:24, 30:33, 49
$researcher
[1] 42:48
$sally
[1] 25:29, 37:41
$sam
[1] 1:6, 16:19 34:36
$teacher
[1] 12:15
z <- structure(list(greg = c(7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 20L, 21L, 22L,
23L, 24L, 30L, 31L, 32L, 33L, 49L), researcher = 42:48, sally = c(25L,
26L, 27L, 28L, 29L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L), sam = c(1L, 2L,
3L, 4L, 5L, 6L, 16L, 17L, 18L, 19L, 34L, 35L, 36L), teacher = 12:15), .Names = c("greg",
"researcher", "sally", "sam", "teacher"))
$greg
[1] 7 8 9 10 11 20 21 22 23 24 30 31 32 33 49
$researcher
[1] 42 43 44 45 46 47 48
$sally
[1] 25 26 27 28 29 37 38 39 40 41
$sam
[1] 1 2 3 4 5 6 16 17 18 19 34 35 36
$teacher
[1] 12 13 14 15
$greg
[1] 7:11, 20:24, 30:33, 49
$researcher
[1] 42:48
$sally
[1] 25:29, 37:41
$sam
[1] 1:6, 16:19 34:36
$teacher
[1] 12:15
z <- structure(list(greg = c(7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 20L, 21L, 22L,
23L, 24L, 30L, 31L, 32L, 33L, 49L), researcher = 42:48, sally = c(25L,
26L, 27L, 28L, 29L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L), sam = c(1L, 2L,
3L, 4L, 5L, 6L, 16L, 17L, 18L, 19L, 34L, 35L, 36L), teacher = 12:15), .Names = c("greg",
"researcher", "sally", "sam", "teacher"))
z我认为diff
是解决方案。你可能需要一些额外的技巧来对付单身汉，但是：
lapply(z, function(x) {
diffs <- c(1, diff(x))
start_indexes <- c(1, which(diffs > 1))
end_indexes <- c(start_indexes - 1, length(x))
coloned <- paste(x[start_indexes], x[end_indexes], sep=":")
paste0(coloned, collapse=", ")
})
$greg
[1] "7:11, 20:24, 30:33, 49:49"
$researcher
[1] "42:48"
$sally
[1] "25:29, 37:41"
$sam
[1] "1:6, 16:19, 34:36"
$teacher
[1] "12:15"
lappy（z，函数（x）{
使用IRanges进行差异：
require(IRanges)
lapply(z, function(x) {
t <- as.data.frame(reduce(IRanges(x,x)))[,1:2]
apply(t, 1, function(x) paste(unique(x), collapse=":"))
})
# $greg
# [1] "7:11" "20:24" "30:33" "49"
#
# $researcher
# [1] "42:48"
#
# $sally
# [1] "25:29" "37:41"
#
# $sam
# [1] "1:6" "16:19" "34:36"
#
# $teacher
# [1] "12:15"
require（IRanges）
lappy（z，函数（x）{
t我对马吕斯有一个非常类似的解决方案，他的作品和我的作品一样，但机制稍有不同，所以我想我不妨发布它：
findIntRuns <- function(run){
rundiff <- c(1, diff(run))
difflist <- split(run, cumsum(rundiff!=1))
unname(sapply(difflist, function(x){
if(length(x) == 1) as.character(x) else paste0(x[1], ":", x[length(x)])
}))
}
lapply(z, findIntRuns)
这里尝试使用diff
和tapply
返回字符向量
runs <- lapply(z, function(x) {
z <- which(diff(x)!=1);
results <- x[sort(unique(c(1,length(x), z,z+1)))]
lr <- length(results)
collapse <- rep(seq_len(ceiling(lr/2)),each = 2, length.out = lr)
as.vector(tapply(results, collapse, paste, collapse = ':'))
})
runs
$greg
[1] "7:11" "20:24" "30:33" "49"
$researcher
[1] "42:48"
$sally
[1] "25:29" "37:41"
$sam
[1] "1:6" "16:19" "34:36"
$teacher
[1] "12:15"
使用lappy
和tapply
运行另一个简短的解决方案：
lapply(z, function(x)
unname(tapply(x, c(0, cumsum(diff(x) != 1)), FUN = function(y)
paste(unique(range(y)), collapse = ":")
))
)
结果是：
$greg
[1] "7:11" "20:24" "30:33" "49"
$researcher
[1] "42:48"
$sally
[1] "25:29" "37:41"
$sam
[1] "1:6" "16:19" "34:36"
$teacher
[1] "12:15"
派对迟到了，但这里有一条基于deparse
的班轮：
lapply(z,function(x) paste(sapply(split(x,cumsum(c(1,diff(x)-1))),deparse),collapse=", "))
$greg
[1] "7:11, 20:24, 30:33, 49L"
$researcher
[1] "42:48"
$sally
[1] "25:29, 37:41"
$sam
[1] "1:6, 16:19, 34:36"
$teacher
[1] "12:15"
你的问题有点类似于这个问题：谢谢你分享你的想法+1当我觉得我越来越擅长R时，我看着这样的代码，意识到我有很多东西要学+1我不太确定这是一种恭维：）。不，是的。有一些函数的组合我没想到会组合在一起：-）我喜欢创意。效果很好。不是在基地，但对未来的搜索有用。谢谢你。+1当然，任何与间隔相关的东西，最好使用实现间隔树的软件包。是的，这是我第一次看到IRanges
这个我最喜欢的，因为我能理解你所做的一切。我疯了e一个小小的调整，将49:49
改为49
，但这是最简单的部分。谢谢。很好的方法+1肯定会迟到；）