R 获得GAMM间隔

我使用的是GAMM，我想用方差-协方差矩阵来提取模型的区间，但在这样做时遇到了问题

编码：

fishdata <- read.csv("http://dl.dropbox.com/s/4w0utkqdhqribl4/fishdata.csv", 
header=T)
attach(fishdata)
require(mgcv)

gammdl <- gamm(inlandfao ~ s(marinefao), correlation = corAR1(form = ~1 | year), 
family=poisson())

summary(gammdl$gam)
intervals(gammdl$lme)

---

fishdata这实际上是一个统计计算的问题，而不是R的使用。本质上，误差意味着，虽然计算可能已收敛到拟合模型，但该模型存在问题。这归结为在模型的拟合值处计算的Hessian是非正定的，因此协方差矩阵的最大似然估计不可用。这种情况通常发生在对数似然函数变得平坦的情况下，优化不会取得进一步的进展，并且是由于模型对于给定数据来说很可能过于复杂

您可以尝试在有AR（1）和无AR（1）的情况下拟合模型，并使用广义似然比检验（通过
anova（）
）进行比较。我猜嵌套在
年
内的AR（1）是冗余的-即参数$\phi$实际上是0-正是这一点导致了错误

事实上，现在我也想到，您正试图将变量
inlandfao
建模为自身的平滑函数
s（inlandfao）
。这里有点不对劲——你可能期望完美的配合，而不需要平滑的功能。你需要解决这个问题；你不能将反应建模为自身的函数。
我真傻，我已经将预测值更改为
marinefao
，但我仍然有同样的问题。@hgeop那么，正如我所说，你的模型太复杂了。你需要AR（1）吗？好吧，也许我的问题是错的。我知道与正常gam模型
绘图（acf（gammdl$gam$res））
有一些自相关性，所以我需要考虑这一点。修改GAMM模型，使我在
GAMM
参数中只有
correlation=corAR1（form=~1）
可以获得间隔，但是当使用
poisson（）
族时，模型的
gam
部分的绘图给了我一条直线
绘图（updategamm$gam）
，这似乎很无趣，并告诉我实际上不存在非线性关系？欢迎来到GAM建模时间序列的问题之一。问题是自相关与平滑项是不可分离的。你可以将自相关（AC）视为模型中的一个非常摆动的平滑函数&没有残余AC，或者相反，它在模型中是线性平滑的，在AR（1）中是高度的AC。一个选项是猜测
s（）
术语所需的平滑度-您期望的平滑度有多大。声明为
k
参数，并使用
fx=TRUE
。通过这种方式，mgcv将估计具有如此多dfs的平滑，AR（1）可以适应这种情况。@hgeop供参考，您需要
绘图（acf（剩余（gammdl$gam，type=“normalized”））
。不要直接从模型拟合中提取组件-您使用的残差是工作残差，您通常不想要/不需要它们。此外，当AR（1）就位时，您需要标准化残差，否则您最终会拔出头发，因为残差自相关仍将存在于标准残差中……您确实不应该使用
attach（）
（至少对于这一点）。删除该行并将
data=fishdata
添加到您的
gamm（）
调用中-当您在我下面的回答中提到的房间中修复大象时。这个问题似乎与主题无关，因为它与统计有关（抱歉-我似乎无法建议迁移到stats.stackexchange.com）@CarlWitthoft您需要单独标记它，并手动建议将其迁移到。@GavinSimpson谢谢；完成。