R 从基因符号和ID获取基因位置

我想从基因符号（例如：TTN）和基因ID（例如：ENSG0000155657）中获得人类基因组的基因位置。我想用R的

biomaRt

package来做。我怎么做

我不完全确定你所说的基因定位是什么意思，但我认为以下应该让你开始：

ensembl <- useMart("ensembl")
ensembl <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=ensembl)
getBM(attributes=c('chromosome_name', 'start_position', 'end_position', 'strand'),
      filters=c('hgnc_symbol', 'ensembl_gene_id'),
      values=list('TTN', 'ENSG00000155657'),
      mart=ensembl)

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ensembl我不完全确定你所说的基因定位是什么意思，但我认为以下应该让你开始：

ensembl <- useMart("ensembl")
ensembl <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=ensembl)
getBM(attributes=c('chromosome_name', 'start_position', 'end_position', 'strand'),
      filters=c('hgnc_symbol', 'ensembl_gene_id'),
      values=list('TTN', 'ENSG00000155657'),
      mart=ensembl)

ensembl您可以从阅读开始。题为“给定人类基因TP53，检索该基因的人类染色体位置…”的第4.11节回答了您的问题。您可以从阅读。题为“给定人类基因TP53，检索该基因的人类染色体位置…”的第4.11节回答了您的问题。