仅在R标记中渲染块输出的最后X行

我从R Markdown这样调用一个shell程序

```{sh}
SomeShellProgram -options
```

并将文件呈现为HTML。程序的计算确实需要一些时间，因此作者包括了一个自我更新进度“条”，它看起来像这样：

45Mb 12.4%935个OTU，3485个嵌合体（6.7%）

但是，特别是当进度缓慢时，它将每隔0.1%左右更新这一行。并且每一行都在HTML中单独呈现，HTML最多可以显示1000行进度条

我不想完全抑制输出，例如在块选项中使用

echo=FALSE

。我正在制作一份报告，打印的信息很重要

我正在寻找一种只捕获最后X行并渲染这些行的黑客，或者使用

grep

或类似的方法，只捕获

100%

左右的行

我试着用

>output.txt

重定向输出，但是没有将进度打印到文件中（尽管其他信息是无效的）

如果不给出完整的例子，我想不出一种方法来提供一个可复制的例子，对此我深表歉意

对于那些感兴趣的人：我正在尝试生成一份关于16S Illumina测序数据分析的报告，我正在使用

Usearch

，而最让我头疼的命令是

Usearch-cluster_otus

命令

更新

渲染最后X行时还有一个问题：输出中的进度条由

^M

（回车符）分隔，而不是由换行符分隔，因此

less

仅将其识别为一行。因此，我的最终解决方案包括

使用

2>

将进度条的输出重定向到文件中

使用

sed将
^M
字符替换为换行符

用

更少的

我在MacOSX上执行此操作的（伪）代码如下（其中X=行数）

和在R减价中：

```{sh, results="hide"}
FunctionWithProgressBar -option 2> tempfile.tmp
```
```{sh, echo=FALSE}
sed -ibak $'s/\x0D/\\\n/g' tempfile.tmp
tail -nX tempfile.tmp
```

---

请注意，匹配退格是一件让人头疼的事（特别是在osx上）以及平台之间的变化

进度条可能在strr流中，因此您可以使用“2>”而不是“>”来捕获它，以便可以分别捕获strr和stdout，例如：

usearch blablabla 2> only_err > only_stdout

或者，如果希望将所有输出都放在一起，则必须将stderr重定向到stdout，并进行追加，如下所示：

usearch blablabla >> total_output 2>&1

至于R-markdown部分，我真的帮不上忙，从未使用过，对不起

问候,

---

Moritz

进度条可能在sterr流中，因此您可以使用“2>”而不是“>”来捕获它，以便可以分别捕获stderr和stdout，例如：

usearch blablabla 2> only_err > only_stdout

或者，如果希望将所有输出都放在一起，则必须将stderr重定向到stdout，并进行追加，如下所示：

usearch blablabla >> total_output 2>&1

至于R-markdown部分，我真的帮不上忙，从未使用过，对不起

问候,

---

莫里茨

谢谢莫里茨，它工作得很好。我只需要将

2>

重定向到一个文件，然后我就可以用

tail file

只打印最后一行了。Markdown将打印打印到控制台上的所有内容，因为控制台上没有打印任何内容，如果我重定向steer stream，它将完美工作！谢谢莫里茨，它工作得很好。我只需要将

2>

重定向到一个文件，然后我就可以用

tail file

只打印最后一行了。Markdown将打印打印到控制台上的所有内容，因为控制台上没有打印任何内容，如果我重定向steer stream，它将完美工作！