R 数据未更改的堆叠重叠条

我想在数据不变的情况下制作一个堆叠条形图。我的意思是，我已经计算了要绘制的百分比。根据ggplot2手册，“geom_col使用stat_identity：它保持数据不变”。但是，它似乎不起作用，因为绘图的百分比与样本数据的百分比不同

从下载示例数据

代码如下：

ggplot(data=df, aes(x = Pathway, y = value, fill = variable)) +
        scale_fill_manual(values=c("#005588", "#E69F00")) +                                                             
        #stat_identity(geom="bar", width=0.5) +                                                                                                                    
        geom_col(width=0.5) +
        #geom_bar(stat="identity", width=0.5) +
        facet_grid(. ~ Timepoint) +
        coord_flip() +
        theme_bw()

另一方面，如果使用“stat_identity”选项，数据保持不变（将两幅图像的百分比与样本数据进行比较），但条形图不再堆叠

“geom_col”选项是否不起作用，或者我做错了什么？我应该使用另一种绘图方法吗？感谢您的帮助

dput：

---

考虑到您和Gregor在上述评论中的讨论，听起来您不希望绘图相互堆叠，而是重叠。我相信这应该对你有用：

ggplot(data=df, aes(x = Pathway, y = value, fill = variable)) +
  scale_fill_manual(values=c("#005588", "#E69F00")) +                                                             
  geom_col(width = 0.5, alpha = 0.5, position = "identity") +
  facet_grid(. ~ Timepoint) +
  coord_flip() +
  theme_bw()

我使用

position=“identity”

来确保这些条不会堆叠。我还必须使用

alpha=0.5

使条形图透明，以便您可以看到它们

---

如果要将它们并排打印而不是堆叠，另一个选项是使用

position=“dodge”

：

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您的预期输出是什么？您发布的代码似乎适用于meStacking bars，与“保持现状”不同。您想要的是默认的

position='stack'

，而不是您正在使用的自定义的'position'identity'.@Mike H我需要样本数据中的原始百分比，就像在第二个图中一样，但是像第一个图中一样堆叠。我不想下载任何文件并读取其中的内容。你能分享一个小样本的数据来说明这个问题吗？您输入的数据没有帮助，因为它只有一个

变量的值，第二个
时间点中只有一行，路径的所有唯一值，所以没有什么可叠加的。8行（2个时间点*2个路径*2个变量）应该足够了。@fred也许只有我一个人，但这不是第一个绘图所做的吗？第二个图仅显示
DEGs
（涵盖
目标
）。第二个看起来是将
DEGs
和
目标的百分比进行叠加
ggplot(data=df, aes(x = Pathway, y = value, fill = variable)) +
  scale_fill_manual(values=c("#005588", "#E69F00")) +                                                             
  geom_col(width = 0.5, alpha = 0.5, position = "identity") +
  facet_grid(. ~ Timepoint) +
  coord_flip() +
  theme_bw()

ggplot(data=df, aes(x = Pathway, y = value, fill = variable)) +
  scale_fill_manual(values=c("#005588", "#E69F00")) +                                                             
  geom_col(width=0.5, position = "dodge") +
  facet_grid(. ~ Timepoint) +
  coord_flip() +
  theme_bw()