R 运行git pull-in闪亮应用程序

我在Ubuntu16.04EC2实例上有一个闪亮的应用程序，我希望在推送回购时能够通过webhook进行更新。所以我设置了另一个闪亮的应用程序来接收webook。我知道，通过一个闪亮的应用程序来实现这一点远不是最优的，但我只是想现在就开始做一些事情，然后我会稍后回来提供一个更好的解决方案

所以我将webhook设置为请求某个url，但目前这并不重要。我加载页面时遇到的问题是，应用程序无法通过

system2

运行

git-pull

（或

system

）。用户可以通过R解释器中的

system2

或

system

命令成功运行

git pull

以下是该应用程序的外观：

library(shiny)

setwd("/home/shiny/myrepo")
result <- system2("git", "pull", stdout = TRUE, stderr = TRUE)

ui <- bootstrapPage(
        textOutput("result")
)


# Define the server code
server <- function(input, output) {
        output$result <- renderText(result)
}

# Return a Shiny app object
shinyApp(ui = ui, server = server)

是否有什么事情我没有考虑到闪亮服务器的运行方式？我的ssh密钥存储在带有

ssh代理的
keychain
中，所以这应该不是问题。我相信app.R文件和repo上的权限是正确的（shiny是这两个文件的所有者和组，并且可以从shell和R解释器对repo执行
git pull
）

我猜这与Shiny server及其访问/home/shinny/.ssh文件夹的能力有关。
您可以通过在窗口中打印信息来明确检查用户

如果您运行的是Shining Server，则您将提供目录
/srv/Shining Server
下的所有应用程序

尝试将其放入
/srv/shinny server/test repo pull/app.R
，然后从
:3838/test repo pull
访问：

library("shiny")

ui <- bootstrapPage(
  actionButton("pull", "Pull Master Branch"),
  verbatimTextOutput("result"),
  tableOutput("user")
)

server <- function(input, output) {

  result <- eventReactive(input$pull, {
    system2("git", "pull origin master", stdout = TRUE, stderr = TRUE)
  })

  output$user <- renderTable({
    info <- Sys.info()
    data.frame(variable = names(info), values = unname(info))
  })

  output$result <- renderPrint({
    result()
  })

}

shinyApp(ui, server)

库（“闪亮”）
ui首先，感谢您拿着领带给出详细的回复。我已验证用户是否有光泽。闪亮的用户在.ssh/文件夹中有密钥，这是正确的密钥，因为当我以该用户的身份登录服务器时，它能够推送。作为闪亮的用户，我甚至可以通过system2或git2r包运行R并从R推送。因此，当服务器运行时会发生一些变化。如果在应用程序运行的目录中执行
git init
，并设置
git remote add origin master
，而不是尝试使用
-C
标志运行，会发生什么？当你在这里的时候，你能用你的操作系统更新你的问题吗？例如：
>system2（“git”），“-C/home/shinny/myrepo-pull-origin-master”，stdout=T，stderr=T）[1]”来自bitbucket.org:me/myrepo“[2]”，*分支主控->取头“[3]”已经是最新的
但在服务器上运行基本相同的东西会给我：
[1]“权限被拒绝（公钥）。\r”[2]“致命：无法从远程存储库读取。”
有趣的是，
git-C/home/shinny/myrepo status
确实有效。（我已经设置了闪亮的服务器配置来指出这一点，很抱歉我之前没有澄清。）
library("shiny")

ui <- bootstrapPage(
  actionButton("pull", "Pull Master Branch"),
  verbatimTextOutput("result"),
  tableOutput("user")
)

server <- function(input, output) {

  result <- eventReactive(input$pull, {
    system2("git", "pull origin master", stdout = TRUE, stderr = TRUE)
  })

  output$user <- renderTable({
    info <- Sys.info()
    data.frame(variable = names(info), values = unname(info))
  })

  output$result <- renderPrint({
    result()
  })

}

shinyApp(ui, server)