R 如何在不使用lumiB的情况下对Illumina eset进行背景校正?

R 如何在不使用lumiB的情况下对Illumina eset进行背景校正?,r,R,我正在使用从GEO下载的公开微阵列数据集进行一些工作。我在使用lumi包处理Illumina BeadArray数据时遇到一些问题 通常在使用lumi包时,您会使用lumiR将数据转换为lumiBatch对象,然后使用lumiB on对其进行后台更正。lumiR需要标准错误才能创建lumiBatch对象,如果没有这些错误,它将创建表达式集。lumi的大多数函数将在表达式集上工作,但不会在lumiB上工作。我下载的数据集只有平均强度值,在某些情况下还有相关的P值。因此,我无法将数据转换为lumiB

我正在使用从GEO下载的公开微阵列数据集进行一些工作。我在使用lumi包处理Illumina BeadArray数据时遇到一些问题

通常在使用lumi包时,您会使用lumiR将数据转换为lumiBatch对象,然后使用lumiB on对其进行后台更正。lumiR需要标准错误才能创建lumiBatch对象,如果没有这些错误,它将创建表达式集。lumi的大多数函数将在表达式集上工作,但不会在lumiB上工作。我下载的数据集只有平均强度值,在某些情况下还有相关的P值。因此,我无法将数据转换为lumiBatch对象,因此无法使用lumiB进行背景校正

如果您能就如何对表达式集进行背景校正提出建议,我将不胜感激。抱歉,如果我的措辞没有帮助或遗漏了重要信息,我对R和在这样的论坛上提问都很陌生

谢谢

艾玛

这就是我使用lumiR的方式,如果它是lumiBatch对象,我将如何使用lumiB:

    #Import data and convert to lumiBatch/eset object
    GSEXXX.lumi <- lumiR("GSEXXX_Raw_Data.txt",lib.mapping="lumiHumanIDMapping")

    #Using lumiB to background correct a lumiBatch object
    GSEXXX.bgcorrected <- lumiB(GSEXXX.lumi,method=c('bgAdjust','forcePositive'))
#导入数据并转换为lumiBatch/eset对象

GSEXXX.lumi如果此处没有答案,则在邮件列表中询问是合适的;无需订阅。谢谢,我会在那里发布我的问题。