Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/7/image/5.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

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Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
R 如何加载保存为tiff文件的二进制轮廓的XY坐标?_R_Image_Imagej - Fatal编程技术网

R 如何加载保存为tiff文件的二进制轮廓的XY坐标?

R 如何加载保存为tiff文件的二进制轮廓的XY坐标?,r,image,imagej,R,Image,Imagej,我正在使用R软件包Momocs来比较我在ImageJ中跟踪并保存为二进制图像TIFF的形状轮廓。例如:。Momocs需要一个X和Y坐标的矩阵,我在从图像到坐标的转换上遇到了困难 一方面:ImageJ可以选择另存为。。。XY坐标,但这仅适用于选择。我可以使用魔杖工具选择轮廓,但它包围了一个像素宽的轮廓,例如,一条直线的坐标是一个长矩形,描述了直线的两侧。这使我看到了我的蜗牛牙,可能会对分析产生不利影响 另一方面:Momocs有一个import_jpg1命令,但当我将图像转换为jpeg或从头开始制作

我正在使用R软件包Momocs来比较我在ImageJ中跟踪并保存为二进制图像TIFF的形状轮廓。例如:。Momocs需要一个X和Y坐标的矩阵,我在从图像到坐标的转换上遇到了困难

一方面:ImageJ可以选择另存为。。。XY坐标,但这仅适用于选择。我可以使用魔杖工具选择轮廓,但它包围了一个像素宽的轮廓,例如,一条直线的坐标是一个长矩形,描述了直线的两侧。这使我看到了我的蜗牛牙,可能会对分析产生不利影响

另一方面:Momocs有一个import_jpg1命令,但当我将图像转换为jpeg或从头开始制作jpeg时,它们的轮廓周围会出现浅色像素作为噪声。我尝试了包tiff和rtiff,但它们的输出不是tiff黑色部分的XY坐标,我对输出不太熟悉,无法理解如何将它们转换为XY坐标

谁能帮我做一个或多个!其中:

以Momocs可以读取的格式将TIFF上传到R 将通过tiff或rtiff上传的tiff数据转换为格式 摩摩人可以阅读 获取图形中所有黑色像素的XY坐标矩阵 二值图像tiff 将二进制图像tiff转换为二进制图像jpeg
提前感谢您的帮助

通过指定arr.ind=TRUE,可以使用R函数轻松提取满足特定条件的像素的XY坐标矩阵。为了说明这种方法,我使用包直接从提供的URL加载示例PNG文件。readImage是R包jpeg、png和tiff中提供的函数的包装器,因此除了png外,它还打开jpeg和tiff文件

### Install EBImage
# source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# biocLite("EBImage")

img <- EBImage::readImage("https://i.stack.imgur.com/ZFTxu.png")

mat <- which(img==0, arr.ind=TRUE, useNames=FALSE)
head(mat)

##      [,1] [,2]
## [1,]  121   53
## [2,]  120   54
## [3,]  118   55
## [4,]  119   55
## [5,]  117   56
## [6,]  116   57
EBImage提供了一系列工具,用于在R中处理您可能感兴趣的图像数据,例如用于操作、过滤和显示图像的函数。有关概述,请参阅软件包