R控制台在使用removeBimeraDenovo函数时崩溃
我第一次使用DADA2管道教程: 我是一名完全的新手(理学硕士生物技术专业的学生),正在学习使用R中的DADA2,然后使用Phyloseq进行微生物群分析 我已经修剪和过滤了我的fastq数据,了解了错误率,将核心样本推断算法应用于过滤和修剪后的序列数据,合并了成对读取 然而,在构建序列变体表之后,我尝试使用以下输入删除嵌合体:R控制台在使用removeBimeraDenovo函数时崩溃,r,dna-sequence,fastq,R,Dna Sequence,Fastq,我第一次使用DADA2管道教程: 我是一名完全的新手(理学硕士生物技术专业的学生),正在学习使用R中的DADA2,然后使用Phyloseq进行微生物群分析 我已经修剪和过滤了我的fastq数据,了解了错误率,将核心样本推断算法应用于过滤和修剪后的序列数据,合并了成对读取 然而,在构建序列变体表之后,我尝试使用以下输入删除嵌合体: seqtab.nochim <- removeBimeraDenovo(seqtab, method="consensus", multithread=TRUE
seqtab.nochim <- removeBimeraDenovo(seqtab, method="consensus", multithread=TRUE, verbose=TRUE)
dim(seqtab.nochim)
由于这个问题似乎是特定于该软件包的,我认为您最好在其github问题页面向软件包开发人员提交一个问题:谢谢。似乎其他人也有同样的问题,尽管它似乎没有得到解决!
sum(seqtab.nochim)/sum(seqtab)