Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/81.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
R控制台在使用removeBimeraDenovo函数时崩溃_R_Dna Sequence_Fastq - Fatal编程技术网

R控制台在使用removeBimeraDenovo函数时崩溃

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我第一次使用DADA2管道教程:

我是一名完全的新手(理学硕士生物技术专业的学生),正在学习使用R中的DADA2,然后使用Phyloseq进行微生物群分析

我已经修剪和过滤了我的fastq数据,了解了错误率,将核心样本推断算法应用于过滤和修剪后的序列数据,合并了成对读取

然而,在构建序列变体表之后,我尝试使用以下输入删除嵌合体:

seqtab.nochim <- removeBimeraDenovo(seqtab, method="consensus", multithread=TRUE, verbose=TRUE)
dim(seqtab.nochim)

由于这个问题似乎是特定于该软件包的,我认为您最好在其github问题页面向软件包开发人员提交一个问题:谢谢。似乎其他人也有同样的问题,尽管它似乎没有得到解决!
sum(seqtab.nochim)/sum(seqtab)