Reverse 使用samtools faidx提取反向BLAST匹配_Reverse_Blast_Samtools

Reverse 使用samtools faidx提取反向BLAST匹配

Reverse 使用samtools faidx提取反向BLAST匹配,reverse,blast,samtools,Reverse,Blast,Samtools,我使用samtools faidx来提取与BLAST输出文件（格式为表格格式-6）给出的范围相匹配的序列。不幸的是，有向前和向后的爆炸比赛。 samtools faidx处理正向范围时没有问题。反向范围导致samtools发出错误消息语法是： samtools faidx file.faa "$scaffold":"$start"-"$end" 如果是反向匹配（“$start”>“$end”），则错误消息为： >$Sc

我使用samtools faidx来提取与BLAST输出文件（格式为表格格式-6）给出的范围相匹配的序列。不幸的是，有向前和向后的爆炸比赛。 samtools faidx处理正向范围时没有问题。反向范围导致samtools发出错误消息

语法是：

samtools faidx  file.faa  "$scaffold":"$start"-"$end"

如果是反向匹配（“$start”>“$end”），则错误消息为：

>$Scaffold:$start-$end/rc
[faidx] Zero length sequence: $Scaffold:$start-$end

有人知道samtools是否可以使用特定的标志处理反向输入吗？我还没有找到适合这种情况的脚本，这在生物科学中应该很常见