Runtime error clusterProfiler:if(abs(max.ES)>;abs(min.ES))中出错{:缺少需要TRUE/FALSE的值

Runtime error clusterProfiler:if(abs(max.ES)>;abs(min.ES))中出错{:缺少需要TRUE/FALSE的值,runtime-error,Runtime Error,这是clusterProfiler软件包中的一个函数。fc是一个名为ENTREZ gene ID的折叠更改向量。对于不同的输入向量,此错误不会一直发生,只会发生在某些向量上(我没有注意到这些向量的任何特殊性)。矢量中没有NA。有人能帮我解释一下此错误消息的含义吗?如果您有解决方案,那就更好了。 错误消息: C3=msigdbr(species = "Homo sapiens", category = "C3") pid2gene=C3 %>% dpl

这是clusterProfiler软件包中的一个函数。fc是一个名为ENTREZ gene ID的折叠更改向量。对于不同的输入向量,此错误不会一直发生,只会发生在某些向量上(我没有注意到这些向量的任何特殊性)。矢量中没有NA。有人能帮我解释一下此错误消息的含义吗?如果您有解决方案,那就更好了。 错误消息:

C3=msigdbr(species = "Homo sapiens", category = "C3")
pid2gene=C3 %>% dplyr::select(gs_name, entrez_gene)
gse_Trans=GSEA(fc, TERM2GENE = wpid2gene,pvalueCutoff = 1, verbose=FALSE)
gse_Trans=setReadable(gse_Trans, 'org.Hs.eg.db', keyType="ENTREZID")
Error in if (abs(max.ES) > abs(min.ES)) {: missing value where TRUE/FALSE needed
Traceback:

1. GSEA(fc, TERM2GENE = wpid2gene, pvalueCutoff = cutoff, verbose = FALSE)
2. GSEA_internal(geneList = geneList, exponent = exponent, minGSSize = minGSSize, 
 .     maxGSSize = maxGSSize, eps = eps, pvalueCutoff = pvalueCutoff, 
 .     pAdjustMethod = pAdjustMethod, verbose = verbose, USER_DATA = USER_DATA, 
 .     seed = seed, by = by, ...)
3. .GSEA(geneList = geneList, exponent = exponent, minGSSize = minGSSize, 
 .     maxGSSize = maxGSSize, eps = eps, pvalueCutoff = pvalueCutoff, 
 .     pAdjustMethod = pAdjustMethod, verbose = verbose, seed = seed, 
 .     USER_DATA = USER_DATA, ...)
4. lapply(geneSets[res$ID], function(gs) gseaScores(geneSet = gs, 
 .     geneList = geneList, exponent = exponent))
5. FUN(X[[i]], ...)
6. gseaScores(geneSet = gs, geneList = geneList, exponent = exponent)

您是否检查过fc不包含任何0?我在某处读到这可能导致错误消息。但是,即使我已确保我的基因列表不包含NA或0,我仍收到相同的错误消息,因此可能至少有两个原因导致错误消息。祝您好运。