Segmentation fault GNU并行和SIGSEGV/SIGABRT

为了将模拟时间从15天缩短到更少，我研究了GNU并行。它确实起到了作用，但也出现了一些我无法解释的错误

代码是：

parallel.“/create_ffile.py-r{2}-s{1}；GENENMM-pdb file.pdb-fcust ffile.txt；DIAGSTD；frequen；RMSCOL:：：arg1.txt arg2.txt

其中GENENMM、DIAGSTD、FREQUEN和RMSCOL是fortran代码，arg文件包含用于创建馈送到GENENMM的ffile.txt的变量

错误是：

程序接收信号SIGSEGV:分段故障-内存引用无效。
此错误的回溯跟踪：
#0 AAAAAAAAAAA
#1  .....
etc

及

程序接收信号SIGABRT：处理中止信号。
此错误的回溯跟踪：
#0 AAAAAAAAAAA
#1  .....
etc

这两个错误后面都是

（堆芯转储）DIAGSTD

或

（堆芯转储）RMSCOL

我无法理解的是，为什么它们只出现在某些{1}-{2}组合中，而不是所有组合中。此外，两个错误有时同时出现，有时只出现其中一个错误。从我在网上看到的情况来看，fortran代码发生了一些事情。但是为什么不是所有的文件都会发生这种情况呢？这是否与它们并行运行的事实有关

提前感谢您的帮助/意见！

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玛丽

我不清楚不同的程序使用哪些文件。我猜这些程序使用相同的文件。因此，如果多个副本同时运行，它们将相互干扰，但如果它们以串行方式运行，则不会发生这种情况

因此，解决方案是让每个副本在不同的文件上运行。执行此操作的标准方法是为每个副本创建一个目录。大概是这样的：

parallel "mkdir {#}; cd {#}; ../create_ffile.py -r {2} -s {1}; GENENMM -pdb ../file.pdb -fcust ffile.txt; DIAGSTD; FREQEN; RMSCOL" :::: arg1.txt arg2.txt

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谢谢这和我断断续续思考时得出的结论是一样的。这些程序确实会生成连续程序使用的文件。另一种方法可以是简单地使用参数重命名文件，然后使用该名称显式地将它们提供给下一个程序。