snakemake中带有空格的文件

我正试图在一个蛇形文件中运行命令

myconversion'my input file.xlsx''my output file.xlsx'

。我试过了

input:
    "my input file.xlsx"
output:
    "my output file.xlsx"
shell:
    "myconversion {input:q} {output:q}"

然而，这是行不通的。我得到了Python错误

Error: Invalid value for "infile": Path "'my" does not exist.

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我做错了什么？

问题在于您的shell命令，而不是snakemake。对于CLI工具，需要在引号中指定文件名

rule asd:
    input:
        "my input file.xlsx"
    output:
        "my output file.xlsx"
    shell:
        'cat "{input}" "{output}"'

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Snakemake允许在文件名中使用空格。我测试了您的代码，它运行良好（snakemake v4.8.0和macOS Sierra）。您使用的是什么操作系统和snakemake版本？出于好奇，

：q

在shell命令中指的是什么？

：q

会自动在输入和输出文件名（）周围加引号。我使用Windows 10和snakemake 5.1.5.1。有什么线索可以解释为什么它在听起来应该的时候不起作用吗？对于这类问题通常都有解决办法，但我强烈建议您，如果要执行某种自动化任务，一般不要在文件名中使用空格。如果您不负责创建文件，请您的合作者提供名称中不带空格的文件：从长远来看，这对双方都有利。我知道，而且我通常避免这样做@天哪，不，不知道。