Sparql Can'；t通过GraphDB API从URL加载一些本体

我可以使用

/rest/data/import/upload/{repositoryID}/url

方法将MonDO本体加载到GraphDB Free 9中，方法如下：

{
  "context": "http://purl.obolibrary.org/obo/mondo.owl",
  "data": "https://github.com/monarch-initiative/mondo/releases/download/current/mondo.owl",
  "format": "RDF/XML"
}

我也可以通过工作台加载，但不能以编程方式加载：

http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=8b5b7825-538d-40e0-9e9e-5ab9274a9aeb

我将

format

行设置为“Turtle”，得到202个响应，但工作台没有显示任何导入。似乎有时我会在工作台的导入页面上看到错误消息，但我不知道要采取什么纠正措施

例如，如果我故意使用错误的格式（RDF/XML）通过工作台导入ICD9，那么我会看到

RDF分析错误：prolog中不允许包含内容。[第2行第1列]

在哪里,

• abc

  -是存储库id

• http://www.w3.org/TR/owl-guide/wine.rdf

  -是要导入的URL

• 1534939094325

  -自纪元起的当前时间戳（在

  bash

  中，相当于

  date+%s

  ）

如果您想执行定期更新，我建议您将每个文件放在自己的图表中（使用

“上下文”：“

。数据库将创建一个增量，并仅更新更改的语句

curl 'http://localhost:7200/rest/data/import/upload/w2/url' -H 'Content-Type: application/json;charset=UTF-8' -H 'Accept: application/json, text/plain, */*' --data-binary '{"type":"url","name":"http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=8b5b7825-538d-40e0-9e9e-5ab9274a9aeb","format":"text/turtle","data":"http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=8b5b7825-538d-40e0-9e9e-5ab9274a9aeb","status":"NONE","message":"","context":"","replaceGraphs":[],"baseURI":null,"forceSerial":false,"timestamp":1534939094325,"parserSettings":{"preserveBNodeIds":false,"failOnUnknownDataTypes":false,"verifyDataTypeValues":false,"normalizeDataTypeValues":false,"failOnUnknownLanguageTags":false,"verifyLanguageTags":true,"normalizeLanguageTags":false,"verifyURISyntax":true,"verifyRelativeURIs":true,"stopOnError":true}}

---

GraphDB处理api密钥，但您应该以向上或“格式”的方式提供文件格式：“text/turtle”。希望这有帮助。

多亏Ontotext中的Sava，我能够构造这个最小的curl命令，成功地从NCBO BioPortal加载ICD9CM turtle文件

curl -d \
'{"type":"url","format":"text/turtle","data":"http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=8b5b7825-538d-40e0-9e9e-5ab9274a9aeb","context":"http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/"}' \
-H 'Content-Type: application/json;charset=UTF-8' \
-X POST http://localhost:7200/rest/data/import/upload/disease_diagnosis_dev/url

• 我遗漏了许多键，包括

  时间戳

  和所有

  解析器设置

• 我使用了

  -d…-X POST

  curl样式，而不是

  --data binary

  样式

我并不声称知道这些决定的所有后果

这是我在R中的方法

库（httr）
post.endpoint您能提供一个可接受格式的列表吗？我在支持的RDF格式中没有看到它们：ttl、RDF、rj、n3、nt、nq、trig、trix、brf、owl、jsonld，以及它们的.gz版本和.zip存档。谢谢，我非常感谢您的所有回复。您是说我应该将“ttl”作为“格式”传递吗参数，而不是“文本/乌龟”？我真的很想看到一个可以传递给该参数的参数列表。它在文档中的任何地方吗？您上面提供的列表看起来像是自动识别的文件扩展名。而且，如果知道url部分文件格式，您不应该编写后者，GraphDB会识别它。您能提供一个可接受格式的列表吗？我不知道在上看不到它们。我可以信任吗？它们没有列出
BRF
curl -d \
'{"type":"url","format":"text/turtle","data":"http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=8b5b7825-538d-40e0-9e9e-5ab9274a9aeb","context":"http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/"}' \
-H 'Content-Type: application/json;charset=UTF-8' \
-X POST http://localhost:7200/rest/data/import/upload/disease_diagnosis_dev/url

library(httr)
post.endpoint <- "http://localhost:7200//rest/data/import/upload/disease_diagnosis_dev/url"
update.body <- '{
  "type":"url",
  "format":"text/turtle",
  "context": "http://purl.bioontology.org/ontology/ICD9CM/",
  "data": "http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=9cf735c3-a44a-404f-8b2f-c49d48b2b8b2"
}'

post.result <- POST(post.endpoint,
                    body = update.body,
                    content_type("application/json"))