String a子串中B串的最佳对齐——生物信息学_String_Alignment_Sequence_Bioinformatics

String a子串中B串的最佳对齐——生物信息学

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String a子串中B串的最佳对齐——生物信息学,string,alignment,sequence,bioinformatics,String,Alignment,Sequence,Bioinformatics,我有两个字符串A和B A = AATCGGATATAG B = CGATA 有些人可能知道两种类型的路线：但是我想实现一个对齐，它采用A的最佳整个子字符串，如果与B对齐，则产生最佳对齐例如： A,B -- Alignment algorithm --> AATCGGATATAG CG-ATA 到目前为止，我一直在使用有人知道解决这个问题的建议吗提前谢谢史密斯·沃特曼仍然是你应该使用的算法。为了使整个

我有两个字符串A和B

A = AATCGGATATAG
B = CGATA

有些人可能知道两种类型的路线：

但是我想实现一个对齐，它采用A的最佳整个子字符串，如果与B对齐，则产生最佳对齐

例如：

A,B -- Alignment algorithm --> AATCGGATATAG 
                                  CG-ATA

到目前为止，我一直在使用

有人知道解决这个问题的建议吗

提前谢谢

史密斯·沃特曼仍然是你应该使用的算法。为了使整个序列对齐，您应该将间隙惩罚更改为0。这将使S-W更喜欢间隙而不是不匹配，并根据需要添加尽可能多的间隙以包括整个序列

例如，使用标准核苷酸4.4替代矩阵将间隙惩罚设置为0将使该对齐：

A =  AATCGGATATAG
B =     C-GATA

我有点不明白你所说的“a的整个子串”是什么意思。您想使用全部还是只使用其中最好的部分？在A中有间隙可以吗？在我选择的（最好的）A的子字符串中不应该有间隙