String Bash循环到gunzip文件并删除文件扩展名和文件前缀

我有几个.vcf.gz文件：

subset_file1.vcf.vcf.gz
subset_file2.vcf.vcf.gz
subset_file3.vcf.vcf.gz

我想快速压缩这些文件并重命名它们（一次性删除

子集

和redudant

.vcf

扩展名并获取这些文件：

file1.vcf
file2.vcf
file3.vcf

这是我尝试过的脚本：

iFILES=/file/path/*.gz
for i in $iFILES;
do gunzip -k $i > /get/in/this/dir/"${i##*/}"
done

---

因为您必须在输出路径名处执行三次操作

1.删除目录部分

2.删除前缀

子集

3.删除冗余扩展

.vcf

只用一个命令是很难完成的

下面是一个修改版本。请小心尝试。我没有在我的计算机上彻底测试它

for i in /file/path/*.gz;
do 
    # get the output file name
    o=$(echo ${i##*/} | sed 's/.*_\(.*\)\(\.[a-z]\{3\}\)\{2\}.*/\1\2/g')       
    gunzip -k $i > /get/in/this/dir/$o
done

---

因为您必须在输出路径名处执行三次操作

1.删除目录部分

2.删除前缀

子集

3.删除冗余扩展

.vcf

只用一个命令是很难完成的

下面是一个修改版本。请小心尝试。我没有在我的计算机上彻底测试它

for i in /file/path/*.gz;
do 
    # get the output file name
    o=$(echo ${i##*/} | sed 's/.*_\(.*\)\(\.[a-z]\{3\}\)\{2\}.*/\1\2/g')       
    gunzip -k $i > /get/in/this/dir/$o
done

---

我建议更改sed命令以显式地使用字符串“subset”（

s/subset\（.*）\（\.[a-z]\{3\}）\{2\.*/\1\2/g

）来避免贪婪的

*

文件名，包括下划线。是的，这是一个很好的建议。或者更改为

sed's/[^a-z]\+\+\\\\++\.\.[[a-z]\{3\}}{2\\\.*/\1\2/g'

移动第一个前缀xi建议更改sed命令以显式使用字符串“subset”（

s/subset\（.*）\）（\.[a-z]\{3\}）\{2\}.*/\1\2/g

）以避免贪婪的

*

文件名，包括下划线。是的，这是一个好建议。或者更改为

sed's/[^\+++\\\\\\\\\\[[a-z]\\{3\\\\\\\\\\\\}{2}{.*/\1\2/g'

移动第一个前缀