斐济imagej在Ubuntu 16.04上崩溃

我在我的Ubuntu 16.04机器上安装了fiji（imagej的发行版），双击桌面图标打开应用程序一秒钟，或者说它试图打开，然后就死掉了。我在网上寻找答案，在这个页面上找到了可以尝试的答案

./ImageJ-linux64 --dry-run 

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这将打印出程序使用的run命令。它将系统称为java。所以我复制了这个命令，转而使用附带的java（fiji和imagej自带了自己的java），这就解决了这个问题。我已经用这个命令创建了一个shell脚本（引用包含的java可执行文件），这个脚本可以启动fiji。

转到您的fiji安装文件夹（fiji.app或其他名称）并运行

这将输出一个长字符串，类似

java -Dpython.cachedir.skip=true -Dplugins.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Xmx3714m -Xincgc -XX:PermSize=128m -Djava.class.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/jars/imagej-launcher-4.0.5.jar -Dimagej.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dij.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.defaultLibPath=lib/amd64/server/libjvm.so -Dfiji.executable=./ImageJ-linux64 -Dij.executable=./ImageJ-linux64 -Djava.library.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/lib/linux64:/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/mm/linux64 net.imagej.launcher.ClassLauncher -ijjarpath jars -ijjarpath plugins net.imagej.Main

/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/java/linux-amd64/jdk1.8.0_66/jre/bin/java

./start_fiji.sh

将命令复制到脚本文件中，并用包含的java可执行文件的完整路径替换第一个“java”，如

java -Dpython.cachedir.skip=true -Dplugins.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Xmx3714m -Xincgc -XX:PermSize=128m -Djava.class.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/jars/imagej-launcher-4.0.5.jar -Dimagej.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dij.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.defaultLibPath=lib/amd64/server/libjvm.so -Dfiji.executable=./ImageJ-linux64 -Dij.executable=./ImageJ-linux64 -Djava.library.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/lib/linux64:/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/mm/linux64 net.imagej.launcher.ClassLauncher -ijjarpath jars -ijjarpath plugins net.imagej.Main

/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/java/linux-amd64/jdk1.8.0_66/jre/bin/java

./start_fiji.sh

将文件保存在目录中（或任何您喜欢的地方），并调用它以启动fiji，如

java -Dpython.cachedir.skip=true -Dplugins.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Xmx3714m -Xincgc -XX:PermSize=128m -Djava.class.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/jars/imagej-launcher-4.0.5.jar -Dimagej.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dij.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.defaultLibPath=lib/amd64/server/libjvm.so -Dfiji.executable=./ImageJ-linux64 -Dij.executable=./ImageJ-linux64 -Djava.library.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/lib/linux64:/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/mm/linux64 net.imagej.launcher.ClassLauncher -ijjarpath jars -ijjarpath plugins net.imagej.Main

/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/java/linux-amd64/jdk1.8.0_66/jre/bin/java

./start_fiji.sh

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转到您的斐济安装文件夹（fiji.app或其他名称）并运行

这将输出一个长字符串，类似

java -Dpython.cachedir.skip=true -Dplugins.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Xmx3714m -Xincgc -XX:PermSize=128m -Djava.class.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/jars/imagej-launcher-4.0.5.jar -Dimagej.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dij.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.defaultLibPath=lib/amd64/server/libjvm.so -Dfiji.executable=./ImageJ-linux64 -Dij.executable=./ImageJ-linux64 -Djava.library.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/lib/linux64:/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/mm/linux64 net.imagej.launcher.ClassLauncher -ijjarpath jars -ijjarpath plugins net.imagej.Main

/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/java/linux-amd64/jdk1.8.0_66/jre/bin/java

./start_fiji.sh

将命令复制到脚本文件中，并用包含的java可执行文件的完整路径替换第一个“java”，如

java -Dpython.cachedir.skip=true -Dplugins.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Xmx3714m -Xincgc -XX:PermSize=128m -Djava.class.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/jars/imagej-launcher-4.0.5.jar -Dimagej.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dij.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.defaultLibPath=lib/amd64/server/libjvm.so -Dfiji.executable=./ImageJ-linux64 -Dij.executable=./ImageJ-linux64 -Djava.library.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/lib/linux64:/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/mm/linux64 net.imagej.launcher.ClassLauncher -ijjarpath jars -ijjarpath plugins net.imagej.Main

/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/java/linux-amd64/jdk1.8.0_66/jre/bin/java

./start_fiji.sh

将文件保存在目录中（或任何您喜欢的地方），并调用它以启动fiji，如

java -Dpython.cachedir.skip=true -Dplugins.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Xmx3714m -Xincgc -XX:PermSize=128m -Djava.class.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/jars/imagej-launcher-4.0.5.jar -Dimagej.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dij.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.defaultLibPath=lib/amd64/server/libjvm.so -Dfiji.executable=./ImageJ-linux64 -Dij.executable=./ImageJ-linux64 -Djava.library.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/lib/linux64:/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/mm/linux64 net.imagej.launcher.ClassLauncher -ijjarpath jars -ijjarpath plugins net.imagej.Main

/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/java/linux-amd64/jdk1.8.0_66/jre/bin/java

./start_fiji.sh

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