Vegan 解读纯素食主义者的procrustes输出

我想弄清楚我应该如何解释纯素食主义者的普罗克斯特分析结果。具体来说，

摘要（procrustes\u对象）

与

抗议

函数中的平方和结果有什么不同

以下是一个玩具示例：

library(vegan)

#some environmental data
env <- read.table(header=TRUE, row.names="site",text="site  temp    rainfall    ph
A   11  600 6
B   13  550 8
C   13  500 6
D   13  450 8
E   14  400 7
F   15  400 7")

#some animal abundances
animals <- read.table(header=TRUE,  row.names="site",text="site frogs   birds   mammals insects spiders
A   54  45  32  88  77
                      B 64  54  30  85  74
                      C 50  49  28  81  50
                      D 30  43  26  84  60
                      E 13  44  24  86  40
                      F 14  51  22  50  22")

#some tree abundances
trees <- read.table(header=TRUE,  row.names="site",text="site   elm oak maple   yew willow  pine
A   1   55  44  81  34  88
B   3   58  50  78  40  87
C   7   56  40  74  33  75
D   3   54  24  77  22  80
E   1   55  10  79  14  70
F   7   57  11  43  15  61")

#run CCAs for animals and trees against available environmental data
cca_animals <- cca(animals, env)
cca_trees <- cca(trees, env)

pro1 <- procrustes(cca_animals, cca_trees) #run procrustes to compare animal and tree CCAs
summary(pro1) #procrustes sum of squares = 0.786
protest(cca_animals, cca_trees) #procrustes sum of quares = 0.047
#correlation in a symmetric procrustes rotation=0.976

library（素食主义者）
#一些环境数据
env基本Procrustes和抗议之间的主要区别在于，
Procrustes
始终是对称的，而
Procrustes
默认为非对称：
Procrustes
将一个解决方案旋转到另一个解决方案（目标）。你的问题显然是对称的，你应该使用
procrustes
和参数
symmetric=TRUE
或等效的
抗议

我不确定Procrustes分析对你的情况是否有用。您有两个约束排序，并且约束在这两个方面都相等。如果查看所有受约束的轴和LC分数（是约束的线性组合），受约束的顺序也将相等。如果你尝试一下，你会看到这个

plot(procrustes(cca_trees, cca_animals, scores="lc", symmetric=TRUE, choices=1:3))

如果有很多约束，只看第一个维度，那么可能会有一些差异（在本例中差异很小）。此外，当您查看加权平均分数（这是
procrustes
中的默认值）时，您会得到更多的分散度。然而，如果分析可以有效地解释，你应该考虑自己。这是一个非技术性的问题，不适用于StackOverflow。
基本Procrustes和抗议的主要区别在于
抗议总是对称的，而
Procrustes
默认为非对称：
Procrustes
将一个解决方案旋转到另一个解决方案（目标）。你的问题显然是对称的，你应该使用
procrustes
和参数
symmetric=TRUE
或等效的
抗议

我不确定Procrustes分析对你的情况是否有用。您有两个约束排序，并且约束在这两个方面都相等。如果查看所有受约束的轴和LC分数（是约束的线性组合），受约束的顺序也将相等。如果你尝试一下，你会看到这个

plot(procrustes(cca_trees, cca_animals, scores="lc", symmetric=TRUE, choices=1:3))

如果有很多约束，只看第一个维度，那么可能会有一些差异（在本例中差异很小）。此外，当您查看加权平均分数（这是
procrustes
中的默认值）时，您会得到更多的分散度。然而，如果分析可以有效地解释，你应该考虑自己。这不是StackOverflow的一个非技术性问题。
我应该补充一点，我在这个例子中试图看到的是，动物和树木群落在测试环境变量方面是否具有相似的结构。根据文件，
抗议
运行对称Procrustes分析，然而，
procrustes
默认为非对称分析。我应该补充一点，我在这个例子中试图看到的是，动物和树木群落是否对测试的环境变量具有相似的结构。根据文档，
procrustes
运行对称的procrustes分析，而
procrustes
默认为非对称分析。为什么procrustes（cca_树、cca_动物）的残差与procrustes（cca_动物、cca_树）的残差不同？这是我的。默认的Procrustes分析是非对称的：一个矩阵（目标）保持不变，另一个旋转到该矩阵。如果你想得到对称的Procrustes分析，你必须设置参数
symmetric=TRUE
。我在评论之前仔细阅读，我已经将这个参数设置为
TRUE
，并且
抗议（A，B）
和
抗议（B，A）
之间的统计数据是相同的。但残差是不同的。你可以通过点击我在你评论上面的评论中发布的链接来看到它。是的。情况似乎是这样。将a旋转到B并测量未旋转B中的残差与将B旋转到a并测量未旋转a中的残差是完全不同的过程。拟合优度统计可以对称，旋转角度至少是镜像对称的。共惯性分析是否提供了对称“残差”的可能性（在共惯性空间中实现的距离）？我知道这不是一个适当的堆栈溢出讨论。这就是为什么我在CrossValidated上发表文章。但我们可以在这里继续讨论。为什么procrustes（cca_树，cca_动物）的残差与procrustes（cca_动物，cca_树）的残差不同？这是我的。默认的Procrustes分析是非对称的：一个矩阵（目标）保持不变，另一个旋转到该位置。如果要获得对称的Procrustes分析，必须设置参数
symmetric=TRUE
。我在评论之前仔细阅读，我已经将此参数设置为
TRUE
，并且
抗议（A，B）
和
抗议（B，A）之间的统计数据相同
。但是残差是不同的。你可以通过点击我在你评论上面的评论中发布的链接来亲自查看。是的，的确如此。这似乎是事实。将a旋转到B并在未旋转的B中测量残差与将B旋转到a并在未旋转的a中测量残差是完全不同的过程。拟合优度统计cs可以是对称的，并且旋转角度至少是镜像对称的。共惯性分析是否提供了对称“残差”（在共惯性空间中实现的距离）的可能性？我知道这不是一个适当的堆栈溢出讨论。这就是我在CrossValidated中发布的原因。但我们可以在这里继续讨论这个问题。